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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000466

染色体: Chr08 坐标: 3323924-3324424 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000466
名称SmilChr08G000466
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK10
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3323924 - 3324424 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997138
GeneID130997138
locus_tag-
NCBI NameLOC130997138
原始查询SmilChr08G000466

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK10
产物proline-rich receptor-like protein kinase PERK10
ArabidopsisAT3G45230 (AT3G45230)
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823659]
identity=65.9; qcov=0.265; evalue=6.63e-12; confidence=weak
RiceOs03g0852400 (OsAGP31)
-
identity=43.8; qcov=0.482; evalue=3.59e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997138

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778381.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778381.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778381.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778381.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778381.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3323943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:3323945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B35,B38,B39
Chr8:3323948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C17
Chr8:3324007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B65,B77,C64,C66,C85
Chr8:3324047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B40,B61
Chr8:3324077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:3324105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr8:3324146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B110,C27
Chr8:3324159 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B23,B40
Chr8:3324159 GGA G 2bp_deletion CDS_variant 2 B23,B40
Chr8:3324233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B25,C63,C83
Chr8:3324260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,A19,B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922398.1
ATGGCGTCGATTTCCCCTCTGCATCTCGTCTTCTCACTCCTCCTCTTCACTTACCCCGTCCTCTCCGATCACTCGCCGTCGCATGCTCCTTCTCAACCTCCGCATCCGCCCGCCGACGAAATCTCTCCGCCCCCGGCCTCCCCAGCCTCCGCGCCTTCACCCGCCCACTCCTTCTCCTCACCTCCGGCGCCGCCGCCCTCAGATCTCGACTCACACTCACCTTCTCCCGCACCGACTCCGGACAGCGAGTCTCCCTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997138
ATGGCGTCGATTTCCCCTCTGCATCTCGTCTTCTCACTCCTCCTCTTCACTTACCCCGTCCTCTCCGATCACTCGCCGTCGCATGCTCCTTCTCAACCTCCGCATCCGCCCGCCGACGAAATCTCTCCGCCCCCGGCCTCCCCAGCCTCCGCGCCTTCACCCGCCCACTCCTTCTCCTCACCTCCGGCGCCGCCGCCCTCAGATCTCGACTCACACTCACCTTCTCCCGCACCGACTCCGGACAGCGAGTCTCCCTCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778381.1
MASISPLHLVFSLLLFTYPVLSDHSPSHAPSQPPHPPADEISPPPASPASAPSPAHSFSSPPAPPPSDLDSHSPSPAPTPDSESPSHSPAPAADTGDIKRETQPNAADLDSNGESSGGMSSGQKAGVAVGVIAGACVVIAGVVVYKKRQQNIQRSQYGYAARREIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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