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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000470`

染色体: Chr08 坐标: 3341733-3342435 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000470`
名称	SmilChr08G000470
描述	60S ribosomal protein L12-1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3341733 - 3342435 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000059`
GeneID	`131000059`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000059`
原始查询	`SmilChr08G000470`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L12-1
产物	60S ribosomal protein L12-1
Arabidopsis	`AT2G37190` (AT2G37190) Ribosomal protein L11 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818295] identity=90.4; qcov=1; evalue=4e-109; confidence=high
Rice	`Os02g0699600` - identity=92.7; qcov=0.988; evalue=2.85e-109; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0070180 (large ribosomal subunit rRNA binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00298 (Ribosomal_L11); PF03946 (Ribosomal_L11_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000059

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057781802.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057781802.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781802.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781802.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781802.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3341858`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,C75
`Chr8:3341964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:3342072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr8:3342141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C78
`Chr8:3342183`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr8:3342264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B136,C57,C84
`Chr8:3342279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B23,B61,D11
`Chr8:3342303`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781802.1

166 aa

166

Ribosomal_L11_N

Ribosomal_L11

PF03946 Ribosomal_L11_N 13-70 aa PF00298 Ribosomal_L11 75-144 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781802.1`	Pfam	`PF03946`	Ribosomal_L11_N	Domain	13	70	6.3e-20	71.4	Ribosomal protein L11, N-terminal domain
`XP_057781802.1`	Pfam	`PF00298`	Ribosomal_L11	Domain	75	144	1.1e-20	74.5	Ribosomal protein L11, RNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925819.1
CAATCCCCGCCAAAAACCCTAGGTTATAATCCTCATAATCTCCCCATTTCCAGTTTCCTCCTCTCACAATCAGAAGCCGCCGCCGACAATGCCGCCGAAGTTCGATCCCTCTCAGGTCGTCGACGTCTACGTCCGCGTCACCGGCGGAGAGGTCGGCGCCGCCAGCTCTCTGGCACCGAAGATCGGGCCGCTCGGCCTCTCCCCGAAGAAAATCGGTGAAGACATTGCTAAAGAGACAGCCAAGGACTGGAAGGGCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000059
ATGCCGCCGAAGTTCGATCCCTCTCAGGTCGTCGACGTCTACGTCCGCGTCACCGGCGGAGAGGTCGGCGCCGCCAGCTCTCTGGCACCGAAGATCGGGCCGCTCGGCCTCTCCCCGAAGAAAATCGGTGAAGACATTGCTAAAGAGACAGCCAAGGACTGGAAGGGCCTCCGCGTAACCGTGAAGCTCACCGTCCAGAACCGTCAGGCGAAGGTCACCGTCGTTCCCTCCGCCGCGGCGCTCGTCATCAAGGCGCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781802.1
MPPKFDPSQVVDVYVRVTGGEVGAASSLAPKIGPLGLSPKKIGEDIAKETAKDWKGLRVTVKLTVQNRQAKVTVVPSAAALVIKALKEPERDRKKTKNIKHNGNISLDDVIEIAKVMSPRSMAKDLSGTVKEILGTCVSVGCTVDGKDPKDLQQEISDGDVEIPEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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