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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000482

染色体: Chr08 坐标: 3456912-3457927 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000482
名称SmilChr08G000482
描述kiwellin-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3456912 - 3457927 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000072
GeneID131000072
locus_tag-
NCBI NameLOC131000072
原始查询SmilChr08G000482

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kiwellin-like
产物kiwellin-like
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0637000
-
identity=60.8; qcov=0.731; evalue=1.47e-56; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF24300 (KWL1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000072

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057781818.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781818.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781818.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781818.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781818.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3457271 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 20 A10,A6,A8,B112,B119,B22,B6,B73,B77,B84,B91,B95,C1,C47,C67,C7,C71,C79,C81,D3
Chr8:3457290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,D8
Chr8:3457348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr8:3457424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,D8
Chr8:3457492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C55
Chr8:3457503 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 10 A24,B101,B33,B56,B60,B79,B96,C82,D4,D7
Chr8:3457504 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 10 A24,B101,B33,B56,B60,B79,B96,C82,D4,D7
Chr8:3457720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,D8
Chr8:3457776 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B70
Chr8:3457776 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B70
Chr8:3457874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr8:3457895 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 9 A21,B11,B113,B20,B94,B97,C23,C60,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781818.1
216 aa
N
1
108
216
KWL1
C
PF24300 KWL1 60-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781818.1 Pfam PF24300 KWL1 Domain 60 214 7.7e-52 176.5 Kiwellin-1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925835.1
GCCACAAGAAAACTTCATCAATCCATACATAATGGCAAACACTATCCTAATCTCTCTTTCCCTTTTCCTAACCGCTGGAATTACCATTTTTACCCTTGGAAATGCACAATCTTCCTGCAATGGCCCATGCCAAACCCTAAACGACTGCGCCGGCCAATTAATCTGCATTAACGGCAAATGCACCGACGATCCCGACGTCGGAACTCACATCTGTAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGGACGTGCAATCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000072
ATGGCAAACACTATCCTAATCTCTCTTTCCCTTTTCCTAACCGCTGGAATTACCATTTTTACCCTTGGAAATGCACAATCTTCCTGCAATGGCCCATGCCAAACCCTAAACGACTGCGCCGGCCAATTAATCTGCATTAACGGCAAATGCACCGACGATCCCGACGTCGGAACTCACATCTGTAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGGACGTGCAATCCTTACGGCACGCTTTACTGCAACGGGACACCGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781818.1
MANTILISLSLFLTAGITIFTLGNAQSSCNGPCQTLNDCAGQLICINGKCTDDPDVGTHICSSGGGGGGGGGTCNPYGTLYCNGTPYPQYTCSPPVTSSTAAKLTLNDFSPGGDGGAPSECDGQYHSNSERVVALSTGWYAGGSRCGKLIRIVASSNGRSTTAKVVDECDSRYGCDAEHAGQPPCKNNIVDGSDAVWKALGLDENLGIVPITWSMA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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