Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000485`

染色体: Chr08 坐标: 3481582-3486509 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000485`
名称	SmilChr08G000485
描述	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3481582 - 3486509 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000075`
GeneID	`131000075`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000075`
原始查询	`SmilChr08G000485`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2-like
产物	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2-like
Arabidopsis	`AT3G45090` (AT3G45090) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823644] identity=62.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0819400` (LPA1) - identity=63.9; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28345 (LPA1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000075

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057781823.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057781823.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781823.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781823.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781823.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3482082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:3483169`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:3483200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:3483220`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr8:3483222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B34,B69,B83,C31,C59
`Chr8:3483269`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:3483353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B59,B62,C24
`Chr8:3484586`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:3484838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr8:3485232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:3485504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B46,B80,C82
`Chr8:3485694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781823.1

712 aa

356

712

LPA1_N

PF28345 LPA1_N 14-172 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781823.1`	Pfam	`PF28345`	LPA1_N	Domain	14	172	1.2e-53	181.7	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925840.1
AAGGGCCCGCATTTCCCACAGCGTATCAGATTAGACCTCCAATCTGTCTCTTCTGCGCTACACGCGCCGACTGCAACTCAGCGGCGGGCGACTCTCGTGTCGGCGTCCCAGCCGTGATGCGTGGCAGCTGCTAGCGGTGGAAATGGCTCGATCGCCTCGGGAACGATGCTGCTACTGCTGCTCCGCCTCTTCTTCTGCGTTGATCCTCCGTCTTCACATTTTCATCTCTGATTTTTACTACATCGACTCCTAGAACCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000075
ATGGCGGCGGCGGAGGGAGTTGCGAAGCTTCTGTACATAGTGGTGCTGGAGGATGACGCGGCGCCGGCGGAAGTGGAGAAGAGAGGTCCGCCGTCGTTCCGCTACACGCGTTCGGTTCTGCAAAGTACTCTGCAGCTAATGGGTTGCAAGGCTCGTCATGCCTTTAAGATTAGCCAAAGGGTACTTGAAATACTCAGAAGTGAAAGCTTTGTGGATAAATTGGCTCCCGAATGTATAGAGGTGTCACCACCACGGGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781823.1
MAAAEGVAKLLYIVVLEDDAAPAEVEKRGPPSFRYTRSVLQSTLQLMGCKARHAFKISQRVLEILRSESFVDKLAPECIEVSPPRGVKVHPQGDSECCVHACSDKGDADNITTEEDKSKSDSKPFELYKRRTTMVIRRKVFLDVVCEALTEYKYVGPNQRADLVLACRIRERKESVTVLLCGTSGCGKSTLSALLGSRLGITTVISTDSIRHMMRSFVGEEQNPLLWASTYHAGEYLDPVAVAEAKAKKKAKKTAGISAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器