Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000498`

染色体: Chr08 坐标: 3641259-3643122 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000498`
名称	SmilChr08G000498
描述	transcription factor MYB36-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3641259 - 3643122 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000090`
GeneID	`131000090`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000090`
原始查询	`SmilChr08G000498`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB36-like
产物	transcription factor MYB36-like
Arabidopsis	`AT5G57620` (MYB36) myb domain protein 36 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835866] identity=89.1; qcov=0.399; evalue=3.94e-76; confidence=low
Rice	`Os03g0771100` - identity=88.2; qcov=0.399; evalue=1.68e-73; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000090

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781841.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781841.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781841.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781841.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057781841.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3641556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B20,B97,C23,C63
`Chr8:3641691`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	41	A18,A19,A24,A6,B104,B108,B11,B124,B127,B129,B16,B21,B22,B29,B31,B33,B41,B45,B59,B60,B71,B79,B81,B85,B94,B98,C19,C24,C28,C49,C51,C62,C65,C7,C71,C76,C9,D10,D11,D3,D8
`Chr8:3641728`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B9
`Chr8:3641728`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B9
`Chr8:3641952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:3642804`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	63	A10,A11,A21,A24,A7,B10,B108,B109,B110,B124,B13,B134,B135,B14,B18,B2,B20,B21,B24,B28,B29,B3,B31,B4,B40,B46,B57,B59,B6,B66,B67,B76,B77,B81,B83,B84,B9,B94,B95,B97,B98,C1,C17,C22,C23,C31,C42,C43,C44,C47,C53,C6,C63,C67,C70,C71,C73,C79,C81,C82,D11,D4,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781841.1

298 aa

149

298

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 14-62 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-76 aa PF00249 Myb_DNA-binding 69-111 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 71-116 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781841.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	14	62	1.3e-30	106.0	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057781841.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	17	76	1.2e-20	74.2	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057781841.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	69	111	1.3e-30	106.0	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057781841.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	71	116	1.2e-20	74.2	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925858.1
CTTGAAAATCAAGAAAAAGACTGTGCATGAAATTCATGCAATTTTATGTAATAATTATATTGTCTGTGTGATTTGAGACGCAAACTTAAATCACCCCATTCGGCCATAACTTTAGTTTGACTTGCGATATAAATTGATGACTTTGCCATTGTTTCCTAATCACCTTCCATCAATAAAAAGCCTCACAACACACCAAGTCAAATTATTAGAGAGATAGAGAAGGGAAACATACATAGCTTCTCGATTCCTGCCTACGAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000090
ATGGGAAGAGCTCCTTGCTGTGATAAGGCAAATGTGAAGAAGGGCCCTTGGTCTCCTGAAGAAGATGCAAAGCTTAAGGAGTTCATGGAGAAATGTGGCACCGGTGGAAATTGGATCGCTCTTCCTCAAAAAGCTGGTCTGAAAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTGAGATGGCTTAATTATCTCAGACCTAACATTAAACATGGCGAATTTTCTGATGAAGAAGACAGAATCATTTGCACACTCTATGCAAGCATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781841.1
MGRAPCCDKANVKKGPWSPEEDAKLKEFMEKCGTGGNWIALPQKAGLKRCGKSCRLRWLNYLRPNIKHGEFSDEEDRIICTLYASIGSRWSIIAAQLPGRTDNDIKNYWNTKLKKKLMGLIPSNHTKYSQPPFSNTFQTHPHSLSTISQLYRDFNSFYLQTAKSLAPVLEPIPSSSLYSDTFSLTTSQYPYFPQTNQEPLPDLCNNMLVFGGNEASCSSSDSRDHHHHRVKQEEIGCGFQGFYGGFDQENHKFMLHDPFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器