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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000503

染色体: Chr08 坐标: 3678880-3681184 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000503
名称SmilChr08G000503
描述probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase IRX7
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3678880 - 3681184 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000096
GeneID131000096
locus_tag-
NCBI NameLOC131000096
原始查询SmilChr08G000503

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase IRX7
产物probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase IRX7
ArabidopsisAT2G28110 (FRA8)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817357]
identity=66.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0107900
-
identity=63.7; qcov=0.797; evalue=2.36e-167; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000096

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057781848.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057781848.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781848.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781848.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781848.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3679525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:3679707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr8:3679786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B56,B96,D7
Chr8:3679925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:3679935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B3,B35,D9
Chr8:3680059 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C5
Chr8:3680059 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C5
Chr8:3680133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:3680195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:3680237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B56,B96,D7
Chr8:3680387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B122,B58,B64,C76
Chr8:3680436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A24,B80,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781848.1
439 aa
N
1
220
439
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 84-382 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781848.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 84 382 6.6e-70 236.5 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925865.1
AAAGTTCACTTTCACGCTCTATTTCTCTTGAAGCAAAAACGAACTCCCAACAAATCCCATCACACATCTCTTGTTTCTTGATTTCCACTCCCCCCAGCTTAAACCAAACACAGAAAACCCCATTTCAACCACTGCCTCCTAGCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTTAAAACAAAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGGAATTGTACGTGAGGAGATGAGGCTTTTCCATGGAGCAAGAAGCAGCAGGAACCAAGAGAAAGGCTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000096
ATGAGGCTTTTCCATGGAGCAAGAAGCAGCAGGAACCAAGAGAAAGGCTTCTTCTGCTACAGATATTTCAAATGGATTCTTTGGTTTTCCATTTCTTTCTATTTCTTCTCCTCTTTCCTCATCACTCGCCACAAACCCTCTTCCTCCATTTCAAGAACAACCGTTGCGCAAAACGAAGCTTCCCGCGCTCTCATCATCGAAGAAACATTCAACTCCTCCCTCCACGAAACCCACGGCGCGGGGCTATTCAACGGAATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781848.1
MRLFHGARSSRNQEKGFFCYRYFKWILWFSISFYFFSSFLITRHKPSSSISRTTVAQNEASRALIIEETFNSSLHETHGAGLFNGMKVYVYELPSKYNADWLANERCSTHLFAAEVAVHRALLSSDVRTFDPWEAHFFFVPVYVSCNFSTVNGFPAIGHARSLIAAAIHLVSSQLPFWNRSRGADHVFVASHDFGSCFHTLEDVAIADGVPKFLKNSIVLQTFGVKYEHPCRDVEHVVIPPYISPESVRSTLEESPLTGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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