当前解析结果
SmilChr08G000518| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000518 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000518 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000518 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 3766190 - 3767197 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000108 |
|---|---|
| GeneID | 131000108 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000108 |
| 原始查询 | SmilChr08G000518 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0154500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os01g0154500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G01130 (AT5G01130)- identity=25.1; qcov=1.12; evalue=3.21e-10; confidence=low |
| Rice | Os01g0154500- identity=26.6; qcov=1.2; evalue=1.74e-17; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05056 (DUF674) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000108 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781858.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057781858.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057781858.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781858.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781858.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:3766432 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr8:3766434 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B18,B47,B50,C58 |
Chr8:3766437 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr8:3766732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B128,B86,B87,C31 |
Chr8:3767022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B70 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781858.1PF05056
DUF674 3-76 aa
PF05056
DUF674 126-197 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781858.1 |
Pfam | PF05056 |
DUF674 | Family | 3 | 76 | 2.3e-21 | 76.9 | Protein of unknown function (DUF674) |
XP_057781858.1 |
Pfam | PF05056 |
DUF674 | Family | 126 | 197 | 2.3e-21 | 76.9 | Protein of unknown function (DUF674) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。