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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000521

染色体: Chr08 坐标: 3794482-3795562 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000521
名称SmilChr08G000521
描述uncharacterized SmilChr08G000521
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3794482 - 3795562 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000111
GeneID131000111
locus_tag-
NCBI NameLOC131000111
原始查询SmilChr08G000521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=high
产物enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G22930 (AT5G22930)
enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]
identity=46.2; qcov=1.21; evalue=6.72e-63; confidence=high
RiceOs05g0115100 (OJ1654_B10.11-2)
-
identity=35.4; qcov=1; evalue=6.37e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF07795 (DUF1635)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000111

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781861.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057781861.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057781861.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057781861.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057781861.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3794635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr8:3794798 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B87
Chr8:3794798 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B87
Chr8:3794863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr8:3795003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr8:3795019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B23,B4,C27,C44
Chr8:3795060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr8:3795075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:3795126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B23,B4,C27
Chr8:3795186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr8:3795196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B23,B4,C27,C44
Chr8:3795228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B115

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781861.1
197 aa
N
1
98
197
DUF1635
C
PF07795 DUF1635 18-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781861.1 Pfam PF07795 DUF1635 Family 18 194 6e-54 184.0 Protein of unknown function (DUF1635)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925878.1
TTTATAATAAGAGAGTGCCCGAGCCCCACGCATAGAAAAGAGAGACATATCACTATATTAGTAGTTTGAGTTCTCTCTCCTACAAAATCATTTCATTTTCTCTCAAGAATTTTAGGAAGATGGATCTTCAAAGAAGCCTCCTCCTCAATTTCACCTATTTCCACCAAGATAAGAGCATGGATGAGCTGCGGCAGTCGCTGCTGCTAACAATGGAGCTTGAAGACACGCGCCTCCAAGCGCAGGAGGAGCTGAAGGCCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000111
ATGGATCTTCAAAGAAGCCTCCTCCTCAATTTCACCTATTTCCACCAAGATAAGAGCATGGATGAGCTGCGGCAGTCGCTGCTGCTAACAATGGAGCTTGAAGACACGCGCCTCCAAGCGCAGGAGGAGCTGAAGGCCCGAGACCAGGAAATCGCCCACCTCAAGGGCCTGCTCGCCGCCGCCATCAGAGACCGCGACGAGGCTCAGGAGAAATGCCAGAAGCTGATGCTCCTCACGCCGCATTCCAGCATCGACGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781861.1
MDLQRSLLLNFTYFHQDKSMDELRQSLLLTMELEDTRLQAQEELKARDQEIAHLKGLLAAAIRDRDEAQEKCQKLMLLTPHSSIDDDHRAFSSSDCDESIVSSPPEQELAVLVDRPLPEKGKLLQAVMKAGPLLQTLLLAGPLPQWRHPPPPLDTYQIPPPPLPALNQDGNCGAVNRKRGAPEMSHSDLKYQRIVLQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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