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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000524

染色体: Chr08 坐标: 3817237-3819982 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000524
名称SmilChr08G000524
描述transcription factor FER-LIKE IRON DEFICIENCY-INDUCED TRANSCRIPTION FACTOR-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3817237 - 3819982 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000114
GeneID131000114
locus_tag-
NCBI NameLOC131000114
原始查询SmilChr08G000524

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor FER-LIKE IRON DEFICIENCY-INDUCED TRANSCRIPTION FACTOR-like
产物transcription factor FER-LIKE IRON DEFICIENCY-INDUCED TRANSCRIPTION FACTOR-like
ArabidopsisAT2G28160 (FRU)
FER-like regulator of iron uptake [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817362]
identity=43.6; qcov=1.01; evalue=9.51e-65; confidence=medium
RiceOs04g0381700 (OsbHLH156)
-
identity=33.8; qcov=0.743; evalue=3.71e-26; confidence=low
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH); PF23177 (bHLH_IRO3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781865.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781865.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781865.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781865.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057781865.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3817456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:3817475 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 66 A10,A15,A18,A20,A24,A4,A7,A9,B10,B101,B102,B112,B117,B118,B119,B122,B124,B127,B133,B135,B21,B23,B27,B29,B32,B41,B49,B5,B54,B57,B59,B61,B63,B65,B70,B72,B76,B83,B84,B86,B87,B88,B94,C18,C21,C25,C30,C32,C38,C39,C42,C44,C47,C49,C5,C53,C61,C68,C7,C74,C80,C81,C83,C85,D10,D9
Chr8:3817481 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 61 A5,A8,B106,B108,B111,B115,B123,B126,B130,B131,B136,B20,B26,B28,B31,B33,B38,B39,B42,B43,B46,B48,B50,B6,B67,B69,B73,B75,B78,B8,B80,B82,B91,B97,B99,C10,C12,C14,C16,C19,C20,C23,C24,C26,C28,C33,C34,C35,C37,C48,C51,C52,C57,C60,C63,C67,C72,C75,C77,D11,D5
Chr8:3817606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B55,B76,C44
Chr8:3817767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B101
Chr8:3817792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B101
Chr8:3817826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B115
Chr8:3817832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr8:3817834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr8:3818178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:3818198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:3818212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781865.1
303 aa
N
1
152
303
HLH
bHLH_IRO3
C
PF00010 HLH 121-167 aa PF23177 bHLH_IRO3 124-196 aa
XP_057781866.1
303 aa
N
1
152
303
HLH
bHLH_IRO3
C
PF00010 HLH 121-167 aa PF23177 bHLH_IRO3 124-196 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781865.1 Pfam PF00010 HLH Domain 121 167 2e-10 41.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057781865.1 Pfam PF23177 bHLH_IRO3 Domain 124 196 5.4e-08 33.8 Iron-related transcription factor 3 bHLH domain
XP_057781866.1 Pfam PF00010 HLH Domain 121 167 2e-10 41.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057781866.1 Pfam PF23177 bHLH_IRO3 Domain 124 196 5.4e-08 33.8 Iron-related transcription factor 3 bHLH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925883.1
GGGCTGTTTGAGCTATGCTTATTACGTGATCCAGTACAACTGGAGATGTCTGAATCCAAGCAACGTTTGTAATAAACAATTCAATGTCAAATGCATATATATTACATAAATTAATGGAGCATTCATTATCTCTTCAAATTTGTCAACTCTCAACTCTTTAAATCTTGATCCCAAAACCACAAAAAATCAATTAATAATCACAAAATGGAAGAGAGGTGTGGAGAAGAAACAATCCCAATCCCAATCCCAATCCCAATCCA...
XM_057925882.1
GGGCTGTTTGAGCTATGCTTATTACGTGATCCAGTACAACTGGAGATGTCTGAATCCAAGCAACGTTTGTAATAAACAATTCAATGTCAAATGCATATATATTACATAAATTAATGGAGCATTCATTATCTCTTCAAATTTGTCAACTCTCAACTCTTTAAATCTTGATCCCAAAACCACAAAAAATCAATTAATAATCACAAAATGGAAGAGAGGTGTGGAGAAGAAACAATCCCAATCCCAATCCCAATCCCAATCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000114
ATGGAAGAGAGGTGTGGAGAAGAAACAATCCCAATCCCAATCCCAATCCCAATCCAGGAACAATATGCAAATCCCGATTTCGAGATGGCATATTTCAACGAAAATTTAGATCACTTTCTTGATCTATTCTGCAAAGAGAATGCAGCCGATGATCCTATTCTCAACGAAATATACGACTTCGACACCCTAAACGACGACGTTGCATTGACGAGTAGTCCTCTTCCAGACTTTCATAGCAGCATGCCTAACCACCTTCAAAA...
LOC131000114
ATGGAAGAGAGGTGTGGAGAAGAAACAATCCCAATCCCAATCCCAATCCCAATCCAGGAACAATATGCAAATCCCGATTTCGAGATGGCATATTTCAACGAAAATTTAGATCACTTTCTTGATCTATTCTGCAAAGAGAATGCAGCCGATGATCCTATTCTCAACGAAATATACGACTTCGACACCCTAAACGACGACGTTGCATTGACGAGTAGTCCTCTTCCAGACTTTCATAGCAGCATGCCTAACCACCTTCAAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781865.1
MEERCGEETIPIPIPIPIQEQYANPDFEMAYFNENLDHFLDLFCKENAADDPILNEIYDFDTLNDDVALTSSPLPDFHSSMPNHLQNDDVQDEDEVEDEDEDEDESSATTSEKTKKSDRSTTLMSERRRRRRMKEKLYTLRSLVPNITKMDKASIVGDAVLYVQELQKQAKKLRSEIAGLDSSFTRLNNSKSKFKKTNASPTPTIKKIFKMDVFQVEERGFYVRIVSNRERGVAGFLYKALDSLKRFQIRSSNLVSDAEN...
XP_057781866.1
MEERCGEETIPIPIPIPIQEQYANPDFEMAYFNENLDHFLDLFCKENAADDPILNEIYDFDTLNDDVALTSSPLPDFHSSMPNHLQNDDVQDEDEVEDEDEDEDESSATTSEKTKKSDRSTTLMSERRRRRRMKEKLYTLRSLVPNITKMDKASIVGDAVLYVQELQKQAKKLRSEIAGLDSSFTRLNNSKSKFKKTNASPTPTIKKIFKMDVFQVEERGFYVRIVSNRERGVAGFLYKALDSLKRFQIRSSNLVSDAEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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