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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000551

染色体: Chr08 坐标: 4001465-4003320 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000551
名称SmilChr08G000551
描述uncharacterized SmilChr08G000551
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4001465 - 4003320 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000140
GeneID131000140
locus_tag-
NCBI NameLOC131000140
原始查询SmilChr08G000551

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745712]; symbol=AT4G16380; hit=AT4G16380; species=arabidopsis; confidence=low
产物Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745712]; symbol=AT4G16380; hit=AT4G16380; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G16380 (AT4G16380)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745712]
identity=52; qcov=0.701; evalue=1.84e-19; confidence=low
RiceOs03g0412300
-
identity=35.4; qcov=0.738; evalue=1.35e-06; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000140

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057781899.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057781899.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057781899.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781899.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781899.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4002822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B112,B41,B73,C7
Chr8:4002870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B41,B73,C7
Chr8:4002889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:4003162 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 136 A1,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A22,A23,A25,A4,A5,A7,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B11,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B123,B125,B127,B128,B129,B13,B131,B132,B134,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B22,B25,B26,B27,B28,B3,B31,B32,B33,B35,B37,B44,B46,B47,B49,B51,B52,B53,B54,B56,B59,B6,B66,B68,B69,B73,B74,B75,B76,B77,B82,B83,B87,B90,B91,B92,B93,B95,B98,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C24,C25,C26,C29,C31,C32,C35,C37,C40,C43,C44,C46,C49,C51,C52,C54,C55,C58,C59,C6,C60,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C77,C78,C79,C81,C82,C83,C84,D1,D10,D11,D4,D7
Chr8:4003180 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr8:4003180 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr8:4003183 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr8:4003183 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr8:4003202 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 137 A1,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A6,A7,A9,B1,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B11,B111,B112,B115,B117,B118,B119,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B137,B139,B14,B16,B21,B22,B25,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B35,B37,B4,B43,B44,B47,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B6,B60,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B82,B86,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C13,C15,C16,C18,C19,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C35,C37,C38,C4,C40,C44,C46,C49,C51,C55,C58,C59,C6,C60,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C77,C78,C79,C81,C83,C84,C85,C87,D1,D10,D11,D4,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925916.1
TTTGGACCTCAATTTTCAATTCTCACACAACTCTCTATACATACATACCAGCTACTCCCTACATTCATGCATCTTCATTCATTCAAGGCAATCCCAACTATCTCTCTCTCTCTCTCTAATTATTTGGAGAAGCAGCAGCAGCATTGGCATCCTATATACATGGCAACTGAGAATCTGACTATAATGACACTAAATGTGAATCTGGAGTGTAGATGCTGCTACAAGAAGCTCACCAAAATTCTTTGCCAAATTCCCCAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000140
ATGCATCTTCATTCATTCAAGGCAATCCCAACTATCTCTCTCTCTCTCTCTAATTATTTGGAGAAGCAGCAGCAGCATTGGCATCCTATATACATGGCAACTGAGAATCTGACTATAATGACACTAAATGTGAATCTGGAGTGTAGATGCTGCTACAAGAAGCTCACCAAAATTCTTTGCCAAATTCCCCAAGTTAGAGATCGAGTGTATGATATGAACAAAAATCAAGTGATGATCACCGTCGACGCGTGCTGCGATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781899.1
MHLHSFKAIPTISLSLSNYLEKQQQHWHPIYMATENLTIMTLNVNLECRCCYKKLTKILCQIPQVRDRVYDMNKNQVMITVDACCDPEKIRDKLCSKGRKVIKSIII

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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