当前解析结果
SmilChr08G000564| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000564 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000564 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000564 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4088542 - 4089909 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000153 |
|---|---|
| GeneID | 131000153 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000153 |
| 原始查询 | SmilChr08G000564 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G27830 (AT2G27830)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330] identity=53.9; qcov=0.953; evalue=4.8e-56; confidence=high |
| Rice | Os02g0527200- identity=41.2; qcov=0.953; evalue=1.47e-35; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23156 (DUF7054) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000153 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057781916.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781916.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781916.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781916.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781916.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4088853 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 65 | A11,A16,A2,A24,A3,A4,A7,A8,A9,B101,B107,B110,B119,B120,B125,B127,B128,B134,B135,B136,B138,B14,B18,B19,B3,B33,B34,B41,B47,B60,B77,B81,B86,B9,B91,B95,B97,B98,C20,C25,C27,C3,C35,C37,C42,C43,C49,C55,C57,C58,C6,C60,C63,C65,C67,C7,C73,C74,C76,C79,C82,D11,D6,D8,D9 |
Chr8:4089173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr8:4089202 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr8:4089229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr8:4089321 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B7 |
Chr8:4089321 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr8:4089323 |
GGC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B7 |
Chr8:4089323 |
GGC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781916.1PF23156
DUF7054 67-151 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781916.1 |
Pfam | PF23156 |
DUF7054 | Domain | 67 | 151 | 1.6e-37 | 128.1 | Domain of unknown function (DUF7054) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。