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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000568`

染色体: Chr08 坐标: 4109210-4111772 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000568`
名称	SmilChr08G000568
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13770, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	4109210 - 4111772 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000156`
GeneID	`131000156`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000156`
原始查询	`SmilChr08G000568`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13770, chloroplastic
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13770%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G13770` (AT5G13770) Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831222] identity=47; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0583101` - identity=44.8; qcov=0.847; evalue=4.38e-161; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057781917.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781917.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781917.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781917.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781917.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:4109798`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr8:4110173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:4110572`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B47,C20,C35,C55
`Chr8:4111225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B47,C20,C35,C55
`Chr8:4111232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781917.1

620 aa

310

620

PPR

PPR_3

PPR

TPR_24

PPR_3

PPR_2

PPR

PPR_2

PPR

PPR_3

PPR

PF01535 PPR 235-262 aa PF01535 PPR 281-306 aa PF01535 PPR 312-339 aa PF13812 PPR_3 367-426 aa PF01535 PPR 416-446 aa PF23276 TPR_24 424-546 aa PF13812 PPR_3 437-498 aa PF13041 PPR_2 449-495 aa PF01535 PPR 451-481 aa PF13041 PPR_2 486-532 aa PF01535 PPR 487-516 aa PF13812 PPR_3 507-545 aa PF01535 PPR 521-547 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	235	262	1.6e-38	128.9	PPR repeat
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	281	306	1.6e-38	128.9	PPR repeat
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	312	339	1.6e-38	128.9	PPR repeat
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	367	426	4.1e-34	117.2	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	416	446	1.6e-38	128.9	PPR repeat
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF23276`	TPR_24	Repeat	424	546	8.9e-16	58.7	Pentatricopeptide repeat-containing protein
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	437	498	4.1e-34	117.2	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	449	495	3.7e-42	142.9	PPR repeat family
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	451	481	1.6e-38	128.9	PPR repeat
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	486	532	3.7e-42	142.9	PPR repeat family
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	487	516	1.6e-38	128.9	PPR repeat
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	507	545	4.1e-34	117.2	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057781917.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	521	547	1.6e-38	128.9	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925934.1
GGTAAAATTCAACCAACTATCTTTATCACATTCATGCTATTAAATTTATATACACACATTTATAAAATGAGAAATTAGAGAAATTTTGTGTGAATACTATTGTTGCATATTGCCGCCTCCCCCCACAAATGTTGACTCCATCTGCATTCTACAAATACTGAAATATACTGTCCATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGAAAGCTCATAGCTCTCCAGTGTCCACGTGTCCTTCAACCAGTGGCTGACATGATCCCCAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000156
ATGGCCGTGGCCAATTCCCTCGACTGGTCACTCGCCGCCACAATCACCAGAAAAACCGTCCAATTTACTCACCACTCCGCCTCCAAAACCAAAATCGGCTTCCGCTTCATCTCCATCCTCTTCCTCAATCCGAATTCAAATTCGTCGAGAGCAGCAAGAGCAGATCCCTCGGCGGTTATCGAAGACGACGCGGCGGTCGGAGACTCTCCGGTGATCGAGCTGGCGCTGAAGCTCGAAGACTTCCACCATCTCCCCGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781917.1
MAVANSLDWSLAATITRKTVQFTHHSASKTKIGFRFISILFLNPNSNSSRAARADPSAVIEDDAAVGDSPVIELALKLEDFHHLPEDDADCKELNSIICSLFKDPQTEHLAYDYYRKAKTKPGFKPQKYTMKLAVRYLIRTKNWSLLVSFCQDLKEFQVLPDKSTSCRLIAACVKARKFKILNHLLQLFMDNNAEMAVLAFDSAMKGYNQLHMYSSSVALYQRMRSAALNPDAACYCRVMEAYFKMGNFQKSVAIFQEFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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