当前解析结果
SmilChr08G000571| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000571 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000571 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000571 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4135261 - 4136461 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000158 |
|---|---|
| GeneID | 131000158 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000158 |
| 原始查询 | SmilChr08G000571 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]; symbol=AT2G27770; hit=AT2G27770; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]; symbol=AT2G27770; hit=AT2G27770; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G27770 (AT2G27770)DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323] identity=48.8; qcov=1.09; evalue=2.04e-96; confidence=high |
| Rice | Os03g0806700- identity=40.1; qcov=1.02; evalue=7.71e-59; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05910 (DUF868) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000158 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781920.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057781920.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781920.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781920.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781920.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4135590 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:4135897 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B95,C48,C61 |
Chr8:4135900 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A7,B95,C48,C61 |
Chr8:4135900 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A7,B95,C48,C61 |
Chr8:4135908 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B95,C48 |
Chr8:4135921 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr8:4135928 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr8:4135932 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781920.1PF05910
DUF868 38-294 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781920.1 |
Pfam | PF05910 |
DUF868 | Family | 38 | 294 | 5.2e-80 | 269.7 | Plant protein of unknown function (DUF868) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。