当前解析结果
SmilChr08G000572| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000572 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000572 |
| 描述 | stress-response A/B barrel domain-containing protein At5g22580 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4144280 - 4145311 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000159 |
|---|---|
| GeneID | 131000159 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000159 |
| 原始查询 | SmilChr08G000572 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | stress-response A/B barrel domain-containing protein At5g22580 |
| 产物 | stress-response A/B barrel domain-containing protein At5g22580 |
| Arabidopsis | AT5G22580 (AT5G22580)Stress responsive A/B Barrel Domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832321] identity=61.5; qcov=0.963; evalue=4.13e-42; confidence=medium |
| Rice | Os11g0150400- identity=58.9; qcov=0.833; evalue=7.98e-35; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07876 (Dabb) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000159 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057781921.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057781921.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781921.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781921.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781921.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4144606 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D2 |
Chr8:4144606 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr8:4144672 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr8:4144912 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
Chr8:4144961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B138,B26,B45,D11 |
Chr8:4144970 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781921.1PF07876
Dabb 5-97 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781921.1 |
Pfam | PF07876 |
Dabb | Domain | 5 | 97 | 1.2e-19 | 71.5 | Stress responsive A/B Barrel Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。