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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000572

染色体: Chr08 坐标: 4144280-4145311 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000572
名称SmilChr08G000572
描述stress-response A/B barrel domain-containing protein At5g22580
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4144280 - 4145311 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000159
GeneID131000159
locus_tag-
NCBI NameLOC131000159
原始查询SmilChr08G000572

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述stress-response A/B barrel domain-containing protein At5g22580
产物stress-response A/B barrel domain-containing protein At5g22580
ArabidopsisAT5G22580 (AT5G22580)
Stress responsive A/B Barrel Domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832321]
identity=61.5; qcov=0.963; evalue=4.13e-42; confidence=medium
RiceOs11g0150400
-
identity=58.9; qcov=0.833; evalue=7.98e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07876 (Dabb)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000159

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057781921.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057781921.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781921.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781921.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781921.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4144606 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D2
Chr8:4144606 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 D2
Chr8:4144672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:4144912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:4144961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B26,B45,D11
Chr8:4144970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781921.1
108 aa
N
1
54
108
Dabb
C
PF07876 Dabb 5-97 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781921.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 5 97 1.2e-19 71.5 Stress responsive A/B Barrel Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925938.1
GGAAAAACTCTTACTTCAAGAAGAATGTCACAATGGGCCCAACTCAATTGAAAATCCAAAGTTGAAAAATACAATTTATTTTGGCTGAGACAATGGGTAAAAAAACACAGAGGCTAGTGGAACAGACTACCTTTACAAATATTACATCTCAGATACTGTCCAGTGCAGTGATCAATGGTACTAATTAATGTGTGTTGACACTTTTGACTGTCCAATTTCACTCACAAACCCACCCAAATCATGTTACTTATTATATATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000159
ATGGCTGAATTCAATCATCTGGTGCTGGTGAAGTTCAAAGACGACGTCGTCGTCGACGACGTCTTGAAAGGTTTGGAGAAGCTTGTCTCCGAAATGGATACTGTCAAATCCTTTGTATGGGGGCAAGATATCGAGAGCCCGGAGGTTCTAAGGCAAGGATTTACGCACTCGTTCTTGATGACATTCGGCGGCAAGGAAGATTTCACGGCATTCGCCGCCCATCCCAATCACCTCGAGTTTTCTACGACGTTTTCTGCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781921.1
MAEFNHLVLVKFKDDVVVDDVLKGLEKLVSEMDTVKSFVWGQDIESPEVLRQGFTHSFLMTFGGKEDFTAFAAHPNHLEFSTTFSAAIDKAILLDFPAKTVKPPPVAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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