Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000577`

染色体: Chr08 坐标: 4230464-4233825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000577`
名称	SmilChr08G000577
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	4230464 - 4233825 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997149`
GeneID	`130997149`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997149`
原始查询	`SmilChr08G000577`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G23160` (CRK8) cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=36.6; qcov=0.921; evalue=2.33e-53; confidence=medium
Rice	`Os08g0125300` - identity=51.4; qcov=0.948; evalue=1.71e-77; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07727 (RVT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997149

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778390.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057778390.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778390.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778390.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778390.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:4230556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,C11,C4,C69
`Chr8:4230614`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr8:4230627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,C6,C73,D3
`Chr8:4230629`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,C58,C83
`Chr8:4230664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr8:4230669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr8:4230680`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,D6,D9
`Chr8:4230683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B85
`Chr8:4230701`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,C76
`Chr8:4230727`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B23,C69
`Chr8:4230756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B66,C16,C22
`Chr8:4230785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B33,B41,B59,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778390.1

267 aa

134

267

RVT_2

PF07727 RVT_2 1-64 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778390.1`	Pfam	`PF07727`	RVT_2	Domain	1	64	9.5e-13	49.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922407.1
CAATGGATGAGATGTCTTAATTGTGTGCTTGTATGTAGATGATTTGATCTTCACAGGAAATAATCCAAAGATGATTGAGGAGTTCAAGAAGGCCATGTCAAAGGAGTTTGAGATGACCGACATTGGGCTGATGGCGTACTACCTCGGCGTGGAAGTCAAGCAACTCGAAGATGGGATCTTCATCACACAAGAAGGATATGCCAAGGAAATTCTCAAGAAGTTCAAGATGGAGGGCTGCAAAGCAATCAACACGCCAGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997149
ATGATTGAGGAGTTCAAGAAGGCCATGTCAAAGGAGTTTGAGATGACCGACATTGGGCTGATGGCGTACTACCTCGGCGTGGAAGTCAAGCAACTCGAAGATGGGATCTTCATCACACAAGAAGGATATGCCAAGGAAATTCTCAAGAAGTTCAAGATGGAGGGCTGCAAAGCAATCAACACGCCAGTGGAATGCGGGATCAAATTATCCAAGAATGATGGAGGAGAAAAAGTGGACCCGACATTGTTCAAGAGCTTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778390.1
MIEEFKKAMSKEFEMTDIGLMAYYLGVEVKQLEDGIFITQEGYAKEILKKFKMEGCKAINTPVECGIKLSKNDGGEKVDPTLFKSLVGSLRYLTCTRPDILYATGLVSRYMENPTTTHFKAAKRILRYLKGTLNYGLFYSCTDDYKLVGYSDSDWAGDNDDRKSTSGFVFFMGDTAFTWMSKKQPIVTLSTCEAEYVAVTSSVCHAVWLRSLLMELGWPQKEPTTICVDNKSAIALSKNPVFHNRSKLTNMKYPPDHSKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器