Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000582`

染色体: Chr08 坐标: 4257237-4259298 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000582`
名称	SmilChr08G000582
描述	premnaspirodiene oxygenase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	4257237 - 4259298 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000167`
GeneID	`131000167`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000167`
原始查询	`SmilChr08G000582`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	premnaspirodiene oxygenase-like
产物	premnaspirodiene oxygenase-like
Arabidopsis	`AT1G13110` (CYP71B7) cytochrome P450, family 71 subfamily B, polypeptide 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837868] identity=38; qcov=0.963; evalue=2.77e-104; confidence=medium
Rice	`Os04g0180400` (CYP99A2) - identity=41; qcov=0.955; evalue=8.36e-122; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00909 (Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000167

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057781927.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057781927.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781927.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781927.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781927.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:4257459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	A19,B118,B27,B30,B43,B61,B72,B73,B75,B82,C50,C66,C75,C9,D1
`Chr8:4257475`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:4257478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr8:4257495`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	30	A2,B1,B104,B122,B123,B13,B140,B2,B21,B4,B41,B42,B5,B53,B56,B83,B90,B96,C14,C29,C48,C51,C54,C55,C57,C6,C64,C65,C66,D7
`Chr8:4257503`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	88	A1,A11,A16,A2,A21,A3,A4,A5,A9,B103,B106,B107,B108,B109,B118,B119,B12,B125,B126,B127,B137,B139,B20,B22,B24,B33,B35,B37,B39,B40,B45,B46,B50,B55,B56,B57,B58,B62,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B8,B80,B83,B86,B87,B89,B93,B94,B95,B96,B98,C18,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C33,C34,C4,C40,C42,C45,C49,C53,C55,C6,C60,C61,C63,C7,C70,C85,D10,D2,D3,D5,D8,D9
`Chr8:4257526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:4257593`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	67	A1,A11,A14,A3,A4,A5,A9,B1,B103,B107,B118,B126,B127,B133,B139,B20,B24,B34,B35,B40,B45,B46,B50,B54,B55,B56,B57,B62,B66,B67,B69,B7,B71,B77,B8,B80,B83,B86,B87,B95,B98,C13,C18,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C28,C33,C4,C40,C49,C53,C63,C7,C70,C75,C82,C85,D10,D2,D3,D5,D7,D9
`Chr8:4257595`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	67	A1,A11,A14,A3,A4,A5,A9,B1,B103,B107,B118,B126,B127,B133,B139,B20,B24,B34,B35,B40,B45,B46,B50,B54,B55,B56,B57,B62,B66,B67,B69,B7,B71,B77,B8,B80,B83,B86,B87,B95,B98,C13,C18,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C28,C33,C4,C40,C49,C53,C63,C7,C70,C75,C82,C85,D10,D2,D3,D5,D7,D9
`Chr8:4257600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:4257748`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C14
`Chr8:4257748`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C14
`Chr8:4257756`	`GC`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B52,B71,C19,C2,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781927.1

509 aa

254

509

p450

PF00067 p450 38-493 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781927.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	38	493	6.8e-99	332.4	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925944.1
ATGGTGGGTGTTGAATGGACGTTGACAACTACTTGTGCTGTGGTTCTTCCTCTTGTAATGTTGTTGTTGATGAAAATTTGGAAGAAATCCGAAAATGTTGGCGTTGATCTACCACCAGGCCCTAAAAAACTCCCAATAATCGGAAACTTGCACCTCGTTTCAAGTGGTTTGGATTTTCGTAGTTTCCGAGATCTATCCCAACAGTATGGCCCAATAATGCATTTGAAGCTGGGCAGCAGGGACATCATCGTCGTCTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000167
ATGGTGGGTGTTGAATGGACGTTGACAACTACTTGTGCTGTGGTTCTTCCTCTTGTAATGTTGTTGTTGATGAAAATTTGGAAGAAATCCGAAAATGTTGGCGTTGATCTACCACCAGGCCCTAAAAAACTCCCAATAATCGGAAACTTGCACCTCGTTTCAAGTGGTTTGGATTTTCGTAGTTTCCGAGATCTATCCCAACAGTATGGCCCAATAATGCATTTGAAGCTGGGCAGCAGGGACATCATCGTCGTCTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781927.1
MVGVEWTLTTTCAVVLPLVMLLLMKIWKKSENVGVDLPPGPKKLPIIGNLHLVSSGLDFRSFRDLSQQYGPIMHLKLGSRDIIVVSSPEIAKEILKDNDPVFAERPLNMLFWFNNSDIFFSPYGEYWRQMRKICTLELLSTKNVRSFCSIRNDEVSHLVDSIRVSAGEPVNLTEKIISFMSSIICRTAFGKVCKDKDSVPWLVKEAIGLSATSPVSDIFPSSKIAQALSWRTKLRFIRMRRQINVILDGIIDDHETNRKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器