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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000594

染色体: Chr08 坐标: 4424499-4426574 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000594
名称SmilChr08G000594
描述2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4424499 - 4426574 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000171
GeneID131000171
locus_tag-
NCBI NameLOC131000171
原始查询SmilChr08G000594

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
产物2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
ArabidopsisAT5G17000 (AT5G17000)
Zinc-binding dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831563]
identity=70.7; qcov=1; evalue=1.43e-106; confidence=high
RiceOs04g0497000 (OsNADPH1)
-
identity=69.2; qcov=1; evalue=3.61e-103; confidence=high
GOGO:0032440 (2-alkenal reductase [NAD(P)H] activity)
KEGG-
PfamPF00107 (ADH_zinc_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057781929.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057781929.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781929.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781929.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781929.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4425952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781929.1
208 aa
N
1
104
208
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF00107 ADH_zinc_N 30-163 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 64-203 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781929.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 30 163 2.5e-22 79.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057781929.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 64 203 3.7e-08 35.1 Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925946.1
ATGGCTGGTATGACTGCATATGTGGGATTTTACGAGATTTGCTCTCCGAAAGAGGGCGAAATCGTCTTTGTATCTGCTGCATCAGGAGCTGTTGGTCAGCTTGTTGGCCAATTTGCTAAGCTATTTGGGTGCTATGTCGTTGGAAGCGCAGGCTCACAAGATAAGGTGAATCTTCTGAAGAACAAATTTGGATTTGATGATGCATTCAACTATAAAGAAGAACCTGACATTGATGCAGCCATAAAGAGGTACTTCCCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000171
ATGGCTGGTATGACTGCATATGTGGGATTTTACGAGATTTGCTCTCCGAAAGAGGGCGAAATCGTCTTTGTATCTGCTGCATCAGGAGCTGTTGGTCAGCTTGTTGGCCAATTTGCTAAGCTATTTGGGTGCTATGTCGTTGGAAGCGCAGGCTCACAAGATAAGGTGAATCTTCTGAAGAACAAATTTGGATTTGATGATGCATTCAACTATAAAGAAGAACCTGACATTGATGCAGCCATAAAGAGGTACTTCCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781929.1
MAGMTAYVGFYEICSPKEGEIVFVSAASGAVGQLVGQFAKLFGCYVVGSAGSQDKVNLLKNKFGFDDAFNYKEEPDIDAAIKRYFPDGIDIYFENVGGKMLEAVLPNMRSRGRIAGCRMISQYNLEKQDATRNLIYLILKQIRMQGFLVFDYFHLYPKYLEMVLPLLQEGKLAYVEDIVEGIEAAPAALVGLFSGRNVGKQVVAVAQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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