Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000611`

染色体: Chr08 坐标: 4551421-4553148 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000611`
名称	SmilChr08G000611
描述	60S acidic ribosomal protein P2A
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	4551421 - 4553148 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000188`
GeneID	`131000188`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000188`
原始查询	`SmilChr08G000611`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S acidic ribosomal protein P2A
产物	60S acidic ribosomal protein P2A
Arabidopsis	`AT3G44590` (AT3G44590) 60S acidic ribosomal protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823584] identity=65.8; qcov=1; evalue=4.52e-32; confidence=medium
Rice	`Os05g0445500` - identity=68.4; qcov=1; evalue=1.77e-31; confidence=medium
GO	GO:0002182 (cytoplasmic translational elongation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00428 (Ribosomal_60s)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057781952.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057781952.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781952.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781952.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781952.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:4551832`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A10,B20,B74,B82,B89,B95,C44,C45,C49,C72
`Chr8:4551847`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A22,A23,B123,B14,B80
`Chr8:4551847`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A22,A23,B123,B14,B80
`Chr8:4551849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C37,D8
`Chr8:4551855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B101,B56,B96,D7
`Chr8:4551904`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	A6,A7,B11,B135,B25,B33,B39,B59,B61,B65,B66,B88,C14,C20,C21,C27,C33,C55,C6
`Chr8:4551971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B3
`Chr8:4551997`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B38,C4,C72
`Chr8:4552016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:4552023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr8:4552821`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B24,B53,B7,C1,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781952.1

129 aa

129

Ribosomal_60s

PF00428 Ribosomal_60s 17-106 aa

XP_057781953.1

114 aa

114

Ribosomal_60s

PF00428 Ribosomal_60s 17-113 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781952.1`	Pfam	`PF00428`	Ribosomal_60s	Family	17	106	1.6e-18	67.7	60s Acidic ribosomal protein
`XP_057781953.1`	Pfam	`PF00428`	Ribosomal_60s	Family	17	113	6.4e-26	91.4	60s Acidic ribosomal protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925969.1
CACAAACCCAATCAAACTAACCCTAACACCAAACAAACCACGCACGTATATATAAATCAATCTTGTCGTCGACTTCATTTCTGAACTCAAAACCCTAGCTGCAGCTGCACTTTCACTGATCTACGCCTCCCGCGTCCCGCCCTCTAAATCACAAATATGAAGGTTGTAGCAGCTTACTTGTTGGCTGTGTTGGGCGGCAACGCCTCCCCCTCTGCCGATGATATTTCCGATATCCTCTGCTCAGTTGGAGCTGAGGTCGA...

XM_057925970.1
ACAAACCCAATCAAACTAACCCTAACACCAAACAAACCACGCACGTATATATAAATCAATCTTGTCGTCGACTTCATTTCTGAACTCAAAACCCTAGCTGCAGCTGCACTTTCACTGATCTACGCCTCCCGCGTCCCGCCCTCTAAATCACAAATATGAAGGTTGTAGCAGCTTACTTGTTGGCTGTGTTGGGCGGCAACGCCTCCCCCTCTGCCGATGATATTTCCGATATCCTCTGCTCAGTTGGAGCTGAGGTCGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131000188
ATGAAGGTTGTAGCAGCTTACTTGTTGGCTGTGTTGGGCGGCAACGCCTCCCCCTCTGCCGATGATATTTCCGATATCCTCTGCTCAGTTGGAGCTGAGGTCGATCAGGAAAGAGTCGAATTGCTTTTGTCTCAAGTTGCCGGCAAAGATATTACTGAGTTGATTGCTGCTGGAAGGGAGAAATTGGCTTCCGTACCTGCTGGAGGTGGTGCAGTTGCTGTCTCCGCACCTTCTGGTGGAGGTGGTGGTGCTGCACCTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057781952.1
MKVVAAYLLAVLGGNASPSADDISDILCSVGAEVDQERVELLLSQVAGKDITELIAAGREKLASVPAGGGAVAVSAPSGGGGGAAPAAAAEAKKEEKVEEKEESDDVSWQNLNTFPTFLMHIVFMFAMF

XP_057781953.1
MKVVAAYLLAVLGGNASPSADDISDILCSVGAEVDQERVELLLSQVAGKDITELIAAGREKLASVPAGGGAVAVSAPSGGGGGAAPAAAAEAKKEEKVEEKEESDDDMGFGLFD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器