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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000613

染色体: Chr08 坐标: 4561614-4563476 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000613
名称SmilChr08G000613
描述uncharacterized SmilChr08G000613
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4561614 - 4563476 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000191
GeneID131000191
locus_tag-
NCBI NameLOC131000191
原始查询SmilChr08G000613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000191

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781957.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057781957.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781957.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781957.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781957.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4561922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr8:4561923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr8:4561928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,D11
Chr8:4561930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C58
Chr8:4561931 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 46 A11,A4,A7,B100,B106,B109,B11,B112,B115,B12,B125,B127,B14,B20,B22,B23,B30,B32,B41,B46,B48,B50,B57,B62,B69,B72,B73,B75,B79,B91,B93,B97,B99,C1,C11,C14,C34,C41,C42,C52,C58,C61,C69,C72,C82,D9
Chr8:4562039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B49,D11
Chr8:4562161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr8:4562202 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr8:4562202 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr8:4562209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,B81,B89,C62
Chr8:4562250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B13,C27,C74,D2
Chr8:4562260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B13,B67,C74,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925974.1
TTTGCCATTTGCGTTCATAACCCCCATTTGCCATTTGATTTCATAGCCCCTCCGTCGACAGCATTGACGCCGCCGACTAGCGATGTCCGACCAGCTGACCCTTTCCTTTCAGGGTCTCTGGTCTCCAGAAACGCCGGAAATGTCGCGGCGGCGTGTGTCTGCACCAGGATTTAGAGATTCAGACGAGTGTAGGAGTAGGTGCGGCGCCTAATGGAAGCGGCGAAATTTAGTGGTGTGAGAAGGGCGGAAATCCGCGGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000191
ATGAGCGGAAATTCTGAGCGATTGAGAGAAGCTCCGGTGCGAGACATCGATGTACACCGGAGAGAAGGCGCAGACTTGAGTCTCTTCACCACAAATCTTTGTTCAGCATCTGTTGTGGCTACACACGCACTTCCAAAGGTTCCCACCCCAAGCAACTCAATAGAAGCCAAGCTTGCATCTTTGACATCAAAATCAGGGCGAAATTCAGAAAGCAGAAGCAGATTGGGATGTGATCTTGATGAACTGCGTAGGCATGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781957.1
MSGNSERLREAPVRDIDVHRREGADLSLFTTNLCSASVVATHALPKVPTPSNSIEAKLASLTSKSGRNSESRSRLGCDLDELRRHEMSKVRSPKEEVRESARAPGRLMTEFPYLLFLDSSSHQPLPVIIDCRYFPINFSSDKTVDGLKLQGGGAAISDG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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