当前解析结果
SmilChr08G000636| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000636 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000636 |
| 描述 | N-carbamoylputrescine amidase |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4743391 - 4747950 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000211 |
|---|---|
| GeneID | 131000211 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000211 |
| 原始查询 | SmilChr08G000636 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | N-carbamoylputrescine amidase |
| 产物 | N-carbamoylputrescine amidase |
| Arabidopsis | AT2G27450 (NLP1)nitrilase-like protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817290] identity=89; qcov=0.982; evalue=3.3e-151; confidence=high |
| Rice | Os02g0533900 (OsCPA1)- identity=87.6; qcov=0.978; evalue=3.27e-146; confidence=high |
| GO | GO:0033388 (GO:0033388); GO:0050126 (N-carbamoylputrescine amidase activity) |
| KEGG | smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00795 (CN_hydrolase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000211 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057781981.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057781981.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057781981.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781981.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781981.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4743871 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C10 |
Chr8:4747663 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B55 |
Chr8:4747722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781981.1PF00795
CN_hydrolase 9-271 aa
XP_057781982.1PF00795
CN_hydrolase 1-195 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781981.1 |
Pfam | PF00795 |
CN_hydrolase | Family | 9 | 271 | 5.1e-56 | 190.6 | Carbon-nitrogen hydrolase |
XP_057781982.1 |
Pfam | PF00795 |
CN_hydrolase | Family | 1 | 195 | 2.6e-46 | 158.8 | Carbon-nitrogen hydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。