当前解析结果
SmilChr08G000651| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000651 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000651 |
| 描述 | methyl-CpG-binding domain-containing protein 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4842000 - 4846180 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000226 |
|---|---|
| GeneID | 131000226 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000226 |
| 原始查询 | SmilChr08G000651 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | methyl-CpG-binding domain-containing protein 6-like |
| 产物 | methyl-CpG-binding domain-containing protein 6-like |
| Arabidopsis | AT5G59380 (MBD6)methyl-CPG-binding domain 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836057] identity=41.8; qcov=0.393; evalue=3.57e-15; confidence=low |
| Rice | Os04g0266400- identity=33.8; qcov=0.368; evalue=5.14e-08; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01429 (MBD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000226 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782006.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782006.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782006.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782006.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057782006.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4842236 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:4842244 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr8:4842258 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,B45,C60 |
Chr8:4842503 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr8:4845810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782006.1PF01429
MBD 90-147 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782006.1 |
Pfam | PF01429 |
MBD | Domain | 90 | 147 | 3.4e-11 | 43.3 | Methyl-CpG binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。