当前解析结果
SmilChr08G000662| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000662 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000662 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000662 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4903762 - 4906803 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000240 |
|---|---|
| GeneID | 131000240 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000240 |
| 原始查询 | SmilChr08G000662 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06839 (Zn_ribbon_GRF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000240 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057782021.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057782021.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057782021.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782021.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782021.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4904005 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr8:4904029 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B16,C14,C82 |
Chr8:4904033 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B30 |
Chr8:4904050 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:4904118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B16,C14,C82 |
Chr8:4904133 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C20 |
Chr8:4904205 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B40,B60,C42,D11 |
Chr8:4904214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,B60,C42 |
Chr8:4904315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B80 |
Chr8:4904343 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B30 |
Chr8:4904360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,C42,C62 |
Chr8:4904366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782021.1PF06839
Zn_ribbon_GRF 16-57 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782021.1 |
Pfam | PF06839 |
Zn_ribbon_GRF | Domain | 16 | 57 | 4.8e-07 | 30.5 | GRF zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。