当前解析结果
SmilChr08G000664| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000664 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000664 |
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4914470 - 4915327 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000239 |
|---|---|
| GeneID | 131000239 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000239 |
| 原始查询 | SmilChr08G000664 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 1 |
| 产物 | NDR1/HIN1-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT3G11660 (NHL1)NDR1/HIN1-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820338] identity=60.3; qcov=0.833; evalue=1.35e-91; confidence=high |
| Rice | Os12g0159600- identity=48.6; qcov=0.853; evalue=6.26e-69; confidence=high |
| GO | GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03168 (LEA_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000239 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057782020.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782020.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782020.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782020.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782020.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4914771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr8:4914802 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr8:4914882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B51,B75 |
Chr8:4914904 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr8:4914909 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr8:4914914 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr8:4914966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr8:4914968 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr8:4914994 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr8:4915081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr8:4915111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:4915152 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 183 | A1,A10,A11,A13,A18,A19,A20,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B106,B110,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B124,B126,B129,B13,B131,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B140,B15,B16,B18,B19,B22,B23,B24,B25,B27,B3,B30,B31,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B82,B83,B84,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C36,C38,C39,C40,C42,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C53,C54,C56,C58,C59,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C80,C81,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782020.1PF03168
LEA_2 116-218 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782020.1 |
Pfam | PF03168 |
LEA_2 | Domain | 116 | 218 | 1.1e-10 | 42.6 | Late embryogenesis abundant protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。