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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000679`

染色体: Chr08 坐标: 5052606-5053888 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000679`
名称	SmilChr08G000679
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB22-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5052606 - 5053888 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000255`
GeneID	`131000255`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000255`
原始查询	`SmilChr08G000679`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB22-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase PUB22-like
Arabidopsis	`AT2G35930` (PUB23) plant U-box 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818166] identity=48; qcov=0.704; evalue=7.74e-68; confidence=high
Rice	`Os04g0686000` (OsPUB32) - identity=45.6; qcov=0.726; evalue=6.28e-62; confidence=high
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04564 (U-box); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000255

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782042.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057782042.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057782042.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782042.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782042.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5052986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr8:5053086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B31,B78,C54
`Chr8:5053121`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr8:5053208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr8:5053222`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B27
`Chr8:5053222`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B27
`Chr8:5053326`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:5053404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C68
`Chr8:5053486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,B78
`Chr8:5053494`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	107	A15,A16,A18,A21,A24,A3,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B111,B112,B114,B115,B118,B120,B121,B122,B124,B126,B13,B132,B135,B136,B138,B139,B14,B15,B16,B18,B19,B22,B24,B26,B27,B30,B32,B34,B37,B4,B40,B42,B43,B48,B50,B52,B53,B56,B57,B59,B64,B65,B66,B67,B69,B73,B74,B77,B79,B80,B81,B83,B85,B87,B88,B89,B93,B97,C12,C14,C18,C19,C23,C24,C28,C29,C32,C35,C40,C41,C43,C45,C50,C54,C56,C59,C62,C65,C67,C68,C7,C76,C77,C80,C83,D1,D3,D4,D5,D6,D8,D9
`Chr8:5053495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr8:5053496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B101,B52,B56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782042.1

314 aa

157

314

U-box

ARM_PUB

PF04564 U-box 6-72 aa PF25598 ARM_PUB 91-307 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782042.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	6	72	2.7e-17	63.4	U-box domain
`XP_057782042.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	91	307	1.7e-60	205.8	Plant U-box protein ARM repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926059.1
TCAATTCTTCTCTAGAAAATTCCACGTCTCCTATTTAATTTCCATCCATGCATACTCTCTAGTCTCTCCTGTATATATATAAATACCATCAAAATGTATATATATTTCTCATAAATTCCTTCAAGTTTCCCATATCCATATCCATGGAGGAAGAAGAAATCCCATGCTTTTTCCTCTGCCCCATCTCGATGCAGCTCATGAGCGACCCCGTCACCGTCTCCACCGGCATCACCTACGACCGCCGCTCCATCGAGAAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000255
ATGGAGGAAGAAGAAATCCCATGCTTTTTCCTCTGCCCCATCTCGATGCAGCTCATGAGCGACCCCGTCACCGTCTCCACCGGCATCACCTACGACCGCCGCTCCATCGAGAAATGGCTGCTTTCCTGCCGCAAAACCACCTGCCCCGTCACCAACCAGCCCCTCGACCCCGCCGCCGCCCTCACCCCCAACCACACCCTCCTCCGCCTCATCCAAGCTCGCCGCCCCAAACCGGAGCTCCCCGACTCCGGTTTGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782042.1
MEEEEIPCFFLCPISMQLMSDPVTVSTGITYDRRSIEKWLLSCRKTTCPVTNQPLDPAAALTPNHTLLRLIQARRPKPELPDSGLKPFFAENSNNITSKLIQVLRDGDSGSRGGAVALLRDAYAAADRIHLIGAGREVFVEAVRVMNDGISARATKSAVKLLAELCPWGRNRLKAVEGGAVGALIELLLETGDRRACELALTALDQLCGCAEGRAELLRHGAGLAVVSKKILRVSAVATDKGVRIVGSISRYSANSRVVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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