Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000681`

染色体: Chr08 坐标: 5061652-5064299 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000681`
名称	SmilChr08G000681
描述	U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5061652 - 5064299 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000257`
GeneID	`131000257`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000257`
原始查询	`SmilChr08G000681`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog
产物	U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog
Arabidopsis	`AT5G14050` (AT5G14050) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831254] identity=61.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0603200` - identity=62.3; qcov=0.877; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0032040 (small-subunit processome); GO:0034388 (Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000257

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782045.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057782045.1`
3	Nucleolus rim	Nucleolus rim	0.40000	`XP_057782045.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782045.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782045.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5062046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr8:5062290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B13,B2,C82
`Chr8:5062361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C27
`Chr8:5062437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,D11
`Chr8:5062515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B135,B89
`Chr8:5062516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:5062813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B42,B43,C56,D1
`Chr8:5063124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr8:5063151`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B105,C16
`Chr8:5063151`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B105,C16
`Chr8:5063416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr8:5063614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782045.1

575 aa

288

575

WD40

PF00400 WD40 274-300 aa PF00400 WD40 396-431 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782045.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	274	300	8.7e-20	71.0	WD domain, G-beta repeat
`XP_057782045.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	396	431	8.7e-20	71.0	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926062.1
CAACAAGCTACAATATCTGTGTGACTGTGTCCAAATTATTGAAGCCATTTGATAAATCTTTTAACTATAGCGCCTCCGCTCCCGCCAAGCTTAAACCCTAATCCTCTTGTTCCTCCGCCGCCGCTCGAACACTACCGCCGTCGATTTTCCATTTCTTTGCCGTTAGGTGCTGAAGGGACTGACTTAACTCTCTCCATTACTAGGAAGGGAGCTCACCGGCGGAATTGATCGATCATTTGGATTGTACTATGCATTAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000257
ATGAGCTTAATTTCTCAAAATGCCCTACCCAAGGAGGTAGGGAAGAAGAAAAAGAGGGTGATCGAGAAAGACAACATTGAACTTGTTGAAGAAAGGGAAGAAGAGGTTGAAGACGGAGACAAGATTATCGTAGATCCTACAAAGAATAAGAAGAGAAAGAAAGGGCGAAAGGAGGAGGAAGACGAGCAATTGGAAATTGAGGAGGGGAAGCAGAGAAAGAAGCTCGAGAGCTTTTTGTTTAGCTCCTTGTACTCACCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782045.1
MSLISQNALPKEVGKKKKRVIEKDNIELVEEREEEVEDGDKIIVDPTKNKKRKKGRKEEEDEQLEIEEGKQRKKLESFLFSSLYSPVGFGKDDEEEEVREEVDNSSALFFTDRSADSTLSVYEEDIGSGEESADEQENNERKPAWVDDEEKKTSINIAKVNKLRKLRKEGEDESVISGEAYESRLRAQHMKMNQGTDWARLNAQPVYSSDSSEDDDSDKENGVVVASGYERPEYADDILRKNEDLVLKRSVKLLPGLLEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器