当前解析结果
SmilChr08G000682| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000682 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000682 |
| 描述 | protein IQ-DOMAIN 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5068732 - 5073559 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000258 |
|---|---|
| GeneID | 131000258 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000258 |
| 原始查询 | SmilChr08G000682 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein IQ-DOMAIN 5 |
| 产物 | protein IQ-DOMAIN 5 |
| Arabidopsis | AT3G22190 (IQD5)IQ-domain 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821783] identity=56.2; qcov=0.922; evalue=4.09e-112; confidence=high |
| Rice | Os12g0619000- identity=51.6; qcov=0.913; evalue=6.35e-106; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00612 (IQ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000258 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057782046.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057782046.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057782046.1 |
| 4 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057782046.1 |
| 5 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057782046.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5070592 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr8:5070663 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B134,B31,C55,C64,C65 |
Chr8:5072812 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B14,C27,C32,C50,C68 |
Chr8:5072855 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr8:5072874 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr8:5072936 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr8:5073202 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,D11 |
Chr8:5073252 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B64,C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782046.1PF00612
IQ 99-118 aa
XP_057782047.1PF00612
IQ 99-118 aa
XP_057782048.1PF00612
IQ 99-118 aa
XP_057782049.1PF00612
IQ 99-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782046.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 99 | 118 | 3.4e-06 | 27.1 | IQ calmodulin-binding motif |
XP_057782047.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 99 | 118 | 3.4e-06 | 27.1 | IQ calmodulin-binding motif |
XP_057782048.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 99 | 118 | 3.4e-06 | 27.1 | IQ calmodulin-binding motif |
XP_057782049.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 99 | 118 | 3.4e-06 | 27.1 | IQ calmodulin-binding motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。