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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000688

染色体: Chr08 坐标: 5108488-5121556 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000688
名称SmilChr08G000688
描述serine/threonine-protein phosphatase BSL3-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5108488 - 5121556 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000264
GeneID131000264
locus_tag-
NCBI NameLOC131000264
原始查询SmilChr08G000688

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein phosphatase BSL3-like
产物serine/threonine-protein phosphatase BSL3-like
ArabidopsisAT1G08420 (BSL2)
BRI1 suppressor 1 (BSU1)-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837362]
identity=85.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0617900 (OsPPKL3)
-
identity=88.3; qcov=0.928; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004721 (phosphoprotein phosphatase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0009742 (brassinosteroid mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos); PF07646 (Kelch_2); PF24681 (Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000264

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782056.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057782056.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057782056.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782056.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782056.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5109158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C57
Chr8:5109316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:5109319 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B26
Chr8:5109319 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B26
Chr8:5110158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:5110362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:5113759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr8:5114279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:5114285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,C11,C57,C69
Chr8:5115874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr8:5116025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr8:5116259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782056.1
1007 aa
N
1
504
1007
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_2
Metallophos
C
PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 86-301 aa PF07646 Kelch_2 336-383 aa PF00149 Metallophos 704-911 aa
XP_057782058.1
1006 aa
N
1
503
1006
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_2
Metallophos
C
PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 86-301 aa PF07646 Kelch_2 336-383 aa PF00149 Metallophos 703-910 aa
XP_057782059.1
1005 aa
N
1
502
1005
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_2
Metallophos
C
PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 86-301 aa PF07646 Kelch_2 336-383 aa PF00149 Metallophos 704-911 aa
XP_057782060.1
1004 aa
N
1
502
1004
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_2
Metallophos
C
PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 86-301 aa PF07646 Kelch_2 336-383 aa PF00149 Metallophos 703-910 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782056.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 86 301 1.2e-41 143.2 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057782056.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 336 383 9.8e-19 67.0 Kelch motif
XP_057782056.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 704 911 1e-37 131.2 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057782058.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 86 301 1.2e-41 143.2 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057782058.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 336 383 9.7e-19 67.0 Kelch motif
XP_057782058.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 703 910 1e-37 131.2 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057782059.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 86 301 1.2e-41 143.2 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057782059.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 336 383 9e-19 67.1 Kelch motif
XP_057782059.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 704 911 1e-37 131.2 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057782060.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 86 301 1.2e-41 143.2 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057782060.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 336 383 8.9e-19 67.1 Kelch motif
XP_057782060.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 703 910 1e-37 131.2 Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926073.1
GCAGGGTCAGGAGAGTTTTACGATAATCATAATAAAAAAAAAGAGTAAGAATTGGATTTGGAGATAAAAATAAAAAGTGGGAAAATAATTAGATTTGGATATGGGGTAAAAGAAGATGCAGGGTTGTACGGTGTCGAGTGATGGTTGTACATTTACCAAGTTGGGCATTCCGAAGATCTCGTTATTCCGCCGTCGCAGTGTTTAGTCTACGATACCTTGTCGGAGTCTTCACACACTACGCCCAAATCCAATCATTTATA...
XM_057926076.1
GCAGGGTCAGGAGAGTTTTACGATAATCATAATAAAAAAAAAGAGTAAGAATTGGATTTGGAGATAAAAATAAAAAGTGGGAAAATAATTAGATTTGGATATGGGGTAAAAGAAGATGCAGGGTTGTACGGTGTCGAGTGATGGTTGTACATTTACCAAGTTGGGCATTCCGAAGATCTCGTTATTCCGCCGTCGCAGTGTTTAGTCTACGATACCTTGTCGGAGTCTTCACACACTACGCCCAAATCCAATCATTTATA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000264
ATGGACGTGGATGCGGCTATGGCTACAGAGCCCGATCACGATCCGTCGGAGCAGCCCGCCACGGCTAATGGTGGGGACCAGCTAACGGAATCCGATTCTCCGTTGTCTCATCATCACCAGCAGCAGCAGCAGAGTAGTAATAACGATGATGATAACGATAGCAGTAATAGTGGTACTGGCGGTGGCGGAGGTGGAGGCGCCGTGGTCCCAGGCCCACGCTGTGCGCCAACTTATACTGTGGTGACGGCTGTAATCGAGAA...
LOC131000264
ATGGACGTGGATGCGGCTATGGCTACAGAGCCCGATCACGATCCGTCGGAGCAGCCCGCCACGGCTAATGGTGGGGACCAGCTAACGGAATCCGATTCTCCGTTGTCTCATCATCACCAGCAGCAGCAGCAGAGTAGTAATAACGATGATGATAACGATAGCAGTAATAGTGGTACTGGCGGTGGCGGAGGTGGAGGCGCCGTGGTCCCAGGCCCACGCTGTGCGCCAACTTATACTGTGGTGACGGCTGTAATCGAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057782056.1
MDVDAAMATEPDHDPSEQPATANGGDQLTESDSPLSHHHQQQQQSSNNDDDNDSSNSGTGGGGGGGAVVPGPRCAPTYTVVTAVIEKKEDGPGPRCGHTLTAVPAVGEEGTPGYIGPRLILFGGATALEGNSGASGTPSSAGSAGIRLAGATADVHCYDVLTNKWSRITPIGEPPTPRAAHVATTVGTMVVIQGGIGPAGLSAEDLHVLDLTQQRPRWHRVVVQGPGPGPRYGHVMALVGQRYLMAIGGNDGKRPLADVW...
XP_057782058.1
MDVDAAMATEPDHDPSEQPATANGGDQLTESDSPLSHHHQQQQQSSNNDDDNDSSNSGTGGGGGGGAVVPGPRCAPTYTVVTAVIEKKEDGPGPRCGHTLTAVPAVGEEGTPGYIGPRLILFGGATALEGNSGASGTPSSAGSAGIRLAGATADVHCYDVLTNKWSRITPIGEPPTPRAAHVATTVGTMVVIQGGIGPAGLSAEDLHVLDLTQQRPRWHRVVVQGPGPGPRYGHVMALVGQRYLMAIGGNDGKRPLADVW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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