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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000689

染色体: Chr08 坐标: 5121654-5126312 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000689
名称SmilChr08G000689
描述J domain-containing protein spf31
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5121654 - 5126312 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000265
GeneID131000265
locus_tag-
NCBI NameLOC131000265
原始查询SmilChr08G000689

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述J domain-containing protein spf31
产物J domain-containing protein spf31
ArabidopsisAT5G22080 (AT5G22080)
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832269]
identity=81.7; qcov=0.931; evalue=2.1e-132; confidence=high
RiceOs03g0261500 (OsDjC26)
-
identity=78.8; qcov=0.946; evalue=1.71e-141; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782061.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057782061.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057782061.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782061.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782061.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5122017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B130,B26,C44,C50
Chr8:5122208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr8:5122276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr8:5122690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B135
Chr8:5122948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B135
Chr8:5126068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B89,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782061.1
259 aa
N
1
130
259
DnaJ
C
PF00226 DnaJ 52-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782061.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 52 108 1.1e-13 51.7 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926078.1
ATAAGAATATAAAGAGAAGTGACAAATTTATCTTAGTAATATGTAAATGGGCCTTCGTAATCTAATTGAAAACCCGAATTTATCAATTCAGAGGCCCGGCCTGAATCTCAAGCCCAAGTGAAATTATTTTTTTTCATTTTTATGAGCTTTTATTACAACGGGAATTGGGAGAGAGGAGATCAGAAACCCCGATGGGTGACTTCAGTGAAGCCACCTCCTCCGCGGCCGCAGCCGCTGCTTCCGCCGCTAACGATGATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000265
ATGGGTGACTTCAGTGAAGCCACCTCCTCCGCGGCCGCAGCCGCTGCTTCCGCCGCTAACGATGATCTTCTTCTCAAGAAATTCTTCGCCGAGGTCAGCGAGGTCGAGCGCGATAATGAAGTCAGCAGGATCCTTTCATGTTTCAAGTTAAATGCTTTTGAGTATCTTAACCTTCCATTTACATCCTCTATTGAAGATGTGAAAAGGCAATATCGTAAGTTATCATTGCTTGTTCACCCTGACAAATGCAAACATCCACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782061.1
MGDFSEATSSAAAAAASAANDDLLLKKFFAEVSEVERDNEVSRILSCFKLNAFEYLNLPFTSSIEDVKRQYRKLSLLVHPDKCKHPQAKEAFGALAKAQQLLLDQQERDYILNQVNAAKEELRAKRKKQLKKDTATKLKSLVDEGKYEQEYERSEEFQLQLKLKVRELLTEQEWRRRKMQMRISEEEGRLKKDEEETKEMWKRKREHEEQWEGTREKRVSSWRDFMKGGKKTKKGELRPPKLKTEDPNKSYVQRPLKRG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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