当前解析结果
SmilChr08G000690| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000690 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000690 |
| 描述 | putative axial regulator YABBY 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5128006 - 5133069 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000266 |
|---|---|
| GeneID | 131000266 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000266 |
| 原始查询 | SmilChr08G000690 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative axial regulator YABBY 2 |
| 产物 | putative axial regulator YABBY 2 |
| Arabidopsis | AT1G08465 (YAB2)Plant-specific transcription factor YABBY family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766682] identity=62.1; qcov=1.01; evalue=1.76e-63; confidence=high |
| Rice | Os07g0160100 (YAB1)- identity=57.2; qcov=1; evalue=1.04e-58; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0007275 (multicellular organism development); GO:0045165 (cell fate commitment) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04690 (YABBY); PF09011 (HMG_box_2); PF24868 (YABBY_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000266 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782062.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057782062.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782062.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782062.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782062.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782062.1PF24868
YABBY_N 7-62 aa
PF04690
YABBY 93-154 aa
PF09011
HMG_box_2 104-148 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782062.1 |
Pfam | PF24868 |
YABBY_N | Domain | 7 | 62 | 1.9e-27 | 95.3 | YABBY, N-terminal |
XP_057782062.1 |
Pfam | PF04690 |
YABBY | Domain | 93 | 154 | 8.7e-36 | 122.8 | YABBY protein, C-terminal |
XP_057782062.1 |
Pfam | PF09011 |
HMG_box_2 | Domain | 104 | 148 | 1.8e-05 | 26.0 | HMG-box domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。