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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000692

染色体: Chr08 坐标: 5155912-5157477 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000692
名称SmilChr08G000692
描述uncharacterized SmilChr08G000692
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5155912 - 5157477 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000270
GeneID131000270
locus_tag-
NCBI NameLOC131000270
原始查询SmilChr08G000692

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000270

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782067.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782069.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782067.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782067.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782067.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5156401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:5156403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B19,B26,B85
Chr8:5156525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B46
Chr8:5156554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B4,B48,C82
Chr8:5156623 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 63 A13,A20,A22,A5,B100,B105,B107,B109,B112,B113,B120,B124,B127,B128,B131,B135,B137,B14,B19,B2,B27,B32,B34,B35,B36,B37,B42,B43,B44,B48,B49,B58,B63,B66,B79,B8,B82,B88,B9,B90,B92,C21,C24,C29,C31,C34,C39,C41,C46,C5,C52,C56,C57,C60,C61,C72,C74,C77,C86,D1,D2,D4,D7
Chr8:5156629 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 128 A11,A13,A15,A16,A18,A20,A23,A25,A4,A7,B10,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B118,B120,B121,B122,B123,B125,B127,B13,B130,B133,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B18,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B47,B5,B50,B54,B55,B57,B59,B60,B61,B65,B66,B68,B70,B71,B73,B75,B77,B81,B83,B84,B91,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C18,C20,C21,C24,C25,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C4,C42,C43,C44,C45,C48,C49,C50,C53,C54,C55,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C79,C8,C83,C84,C9,D1,D10,D2,D5,D6,D9
Chr8:5156680 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 28 A2,A9,B113,B119,B12,B2,B22,B28,B37,B40,B46,B47,B5,B53,B63,B68,B76,B9,B91,C17,C22,C28,C47,C59,C6,C77,C83,C86
Chr8:5156689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5156747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B45
Chr8:5156818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B38,B61
Chr8:5157390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926086.1
GTATATATGATAACCGCCTACCACCGTTTTTCTCTCTCTTCTAAACATCGCAGATTCGCAATGCCAATTGTAGCAGATTACGAACCTGGAACCATCGATCGATACATTGCGAACTGGAAGCAAAAGGGTTATGATATGGATGACAATTCCCTATCCCCCAAGACTGAGGGCTGCCCTTTTCGGGTATATATGGATGCCTTCAAGGAAGGCAGTGATGACTACGAAGTTGTTATGACAATACTAAAAGCTATAGTTGACAT...
XM_057926084.1
GTATATATGATAACCGCCTACCACCGTTTTTCTCTCTCTTCTAAACATCGCAGATTCGCAATGCCAATTGTAGCAGATTACGAACCTGGAACCATCGATCGATACATTGCGAACTGGAAGCAAAAGGGTTATGATATGGATGACAATTCCCTATCCCCCAAGACTGAGGGCTGCCCTTTTCGGGTATATATGGATGCCTTCAAGGAAGGCAGTGATGACTACGAAGTTGTTATGACAATACTAAAAGCTATAGTTGACAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000270
ATGATAACCGCCTACCACCGTTTTTCTCTCTCTTCTAAACATCGCAGATTCGCAATGCCAATTGTAGCAGATTACGAACCTGGAACCATCGATCGATACATTGCGAACTGGAAGCAAAAGGGTTATGATATGGATGACAATTCCCTATCCCCCAAGACTGAGGGCTGCCCTTTTCGGGTATATATGGATGCCTTCAAGGAAGGCAGTGATGACTACGAAGTTGTTATGACAATACTAAAAGCTATAGTTGACATAATGAA...
LOC131000270
ATGATAACCGCCTACCACCGTTTTTCTCTCTCTTCTAAACATCGCAGATTCGCAATGCCAATTGTAGCAGATTACGAACCTGGAACCATCGATCGATACATTGCGAACTGGAAGCAAAAGGGTTATGATATGGATGACAATTCCCTATCCCCCAAGACTGAGGGCTGCCCTTTTCGGGTATATATGGATGCCTTCAAGGAAGGCAGTGATGACTACGAAGTTGTTATGACAATACTAAAAGCTATAGTTGACATAATGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057782067.1
MITAYHRFSLSSKHRRFAMPIVADYEPGTIDRYIANWKQKGYDMDDNSLSPKTEGCPFRVYMDAFKEGSDDYEVVMTILKAIVDIMNAEVVCIHICNLYSFPQIFTMFFLMLIKIQIHKEKYEVKELVKEVHATDLPLYEDMQILKFNVSEVHTNEVKTVEAALYDDGYSAYYDLQEWRFKPGPPETPPEISYPLSPSPEASPEPEEPSISFDHWYKRDDDDLYFFGQMV
XP_057782068.1
MPIVADYEPGTIDRYIANWKQKGYDMDDNSLSPKTEGCPFRVYMDAFKEGSDDYEVVMTILKAIVDIMNAEVVCIHICNLYSFPQIFTMFFLMLIKIQIHKEKYEVKELVKEVHATDLPLYEDMQILKFNVSEVHTNEVKTVEAALYDDGYSAYYDLQEWRFKPGPPETPPEISYPLSPSPEASPEPEEPSISFDHWYKRDDDDLYFFGQMV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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