Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000705`

染色体: Chr08 坐标: 5239979-5242252 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000705`
名称	SmilChr08G000705
描述	single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5239979 - 5242252 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000297`
GeneID	`131000297`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000297`
原始查询	`SmilChr08G000705`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial-like
产物	single-stranded DNA-binding protein%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT3G18580` (AT3G18580) Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821389] identity=58.3; qcov=1.02; evalue=1.67e-86; confidence=high
Rice	`Os01g0642900` (SSB) - identity=69.3; qcov=0.722; evalue=2.58e-73; confidence=high
GO	GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0006264 (mitochondrial DNA replication); GO:0042645 (mitochondrial nucleoid); GO:0051096 (positive regulation of helicase activity)
KEGG	smil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03430 (Mismatch repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00436 (SSB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057782122.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782122.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782122.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782122.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782122.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5241718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr8:5241760`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B92,B95,C87
`Chr8:5241798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr8:5241918`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B88
`Chr8:5241918`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B88
`Chr8:5241919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B45,B84,C66
`Chr8:5241920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr8:5242098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr8:5242106`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782122.1

212 aa

106

212

SSB

PF00436 SSB 77-184 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782122.1`	Pfam	`PF00436`	SSB	Domain	77	184	5e-16	59.3	Single-strand binding protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926139.1
TTCAGCAGAGAGTATTTTTTTAGTACTATTACTCAAAAGTTGAGTGCTGAACCTGTTCCGCTAAACCTCAGTAGGGTTTTGAAGCTTCGATAGCAATTCCATGGCGTCTTCTCTCTCTAGAAAACTGTCCGCTGCCATTCTCTCAAGGCACACGCCACTCTCTTCACTATCAAACACATCTCTCTCTTTCTGCACCAAAAGTCTCTCCTCCCCAGATTCCGACTCCGAGTCAGGCTCACCCCATCCCACCCCCGATTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000297
ATGGCGTCTTCTCTCTCTAGAAAACTGTCCGCTGCCATTCTCTCAAGGCACACGCCACTCTCTTCACTATCAAACACATCTCTCTCTTTCTGCACCAAAAGTCTCTCCTCCCCAGATTCCGACTCCGAGTCAGGCTCACCCCATCCCACCCCCGATTCCCCCCCTCCTAACCAGCAGCGCGCCAACGCCGATCGACCCCTCGAAGACGGTTTGGACCTCGGCATTTACAAGGCGATATTGGTGGGGCAGGTCGGGCAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782122.1
MASSLSRKLSAAILSRHTPLSSLSNTSLSFCTKSLSSPDSDSESGSPHPTPDSPPPNQQRANADRPLEDGLDLGIYKAILVGQVGQAPIQKRLRSGKTVTLISLGTGGIRNNRRPLDNEDPRDYANRCAVQWHRVSVYPERLGELAAKNLAPGSTLYVEGSLETKIFNDPITGLVRRIREVAVRRNGRILVLGNGGEAAQFSRTDMAGVGYY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器