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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000711

染色体: Chr08 坐标: 5280789-5282707 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000711
名称SmilChr08G000711
描述double-stranded RNA-binding protein 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5280789 - 5282707 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000291
GeneID131000291
locus_tag-
NCBI NameLOC131000291
原始查询SmilChr08G000711

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述double-stranded RNA-binding protein 1-like
产物double-stranded RNA-binding protein 1-like
ArabidopsisAT5G41070 (DRB5)
dsRNA-binding protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834109]
identity=34.4; qcov=0.526; evalue=8.8e-19; confidence=low
RiceOs01g0772000 (OsDRB4)
-
identity=35.6; qcov=0.816; evalue=1.08e-32; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00035 (dsrm); PF14709 (DND1_DSRM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000291

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782108.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057782108.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057782108.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782108.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782108.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5281139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr8:5281157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C78,C9
Chr8:5281171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B34,B36,C82
Chr8:5281173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr8:5281183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr8:5281373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B34,C85
Chr8:5281431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr8:5281442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,B72
Chr8:5281459 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B18
Chr8:5281459 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B18
Chr8:5281620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C61
Chr8:5281728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B19,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782108.1
311 aa
N
1
156
311
dsrm
DND1_DSRM
dsrm
C
PF00035 dsrm 2-65 aa PF14709 DND1_DSRM 3-66 aa PF00035 dsrm 165-225 aa
XP_057782109.1
293 aa
N
1
146
293
dsrm
DND1_DSRM
dsrm
C
PF00035 dsrm 2-65 aa PF14709 DND1_DSRM 3-66 aa PF00035 dsrm 147-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782108.1 Pfam PF00035 dsrm Domain 2 65 3.6e-23 82.6 Double-stranded RNA binding motif
XP_057782108.1 Pfam PF14709 DND1_DSRM Domain 3 66 1.8e-08 35.2 double strand RNA binding domain from DEAD END PROTEIN 1
XP_057782108.1 Pfam PF00035 dsrm Domain 165 225 3.6e-23 82.6 Double-stranded RNA binding motif
XP_057782109.1 Pfam PF00035 dsrm Domain 2 65 3.2e-23 82.8 Double-stranded RNA binding motif
XP_057782109.1 Pfam PF14709 DND1_DSRM Domain 3 66 1.3e-08 35.7 double strand RNA binding domain from DEAD END PROTEIN 1
XP_057782109.1 Pfam PF00035 dsrm Domain 147 207 3.2e-23 82.8 Double-stranded RNA binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926126.1
ATGTACAAGTCGAAGCTGCAAGAGCTGTGCCAGAAACAGAAATTGGGGATGCCCAAATACACATGCATCCGAGATGGTGCTGATCACTGCCCTCAGTTTAAGGCCTCCGTCGTCGTCGCCGGCGCCGCCTTCCACAGCCCCTCCGCCGCCAACTCCTCCAAACAAGCCTATAATCAAGTCGCTCAGCTTGCCTTCTCCCATTTCACTTCTCATTTGCATCAAGCATTCAAGAACAAACTTAGGATGTATGCTCAAAGAAA...
XM_057926125.1
ATGTACAAGTCGAAGCTGCAAGAGCTGTGCCAGAAACAGAAATTGGGGATGCCCAAATACACATGCATCCGAGATGGTGCTGATCACTGCCCTCAGTTTAAGGCCTCCGTCGTCGTCGCCGGCGCCGCCTTCCACAGCCCCTCCGCCGCCAACTCCTCCAAACAAGCCTATAATCAAGTCGCTCAGCTTGCCTTCTCCCATTTCACTTCTCAAAAAAATGTTGGTAAGAAAGAAGTTGAGAGCTCCAAATCGTCTGTCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000291
ATGTACAAGTCGAAGCTGCAAGAGCTGTGCCAGAAACAGAAATTGGGGATGCCCAAATACACATGCATCCGAGATGGTGCTGATCACTGCCCTCAGTTTAAGGCCTCCGTCGTCGTCGCCGGCGCCGCCTTCCACAGCCCCTCCGCCGCCAACTCCTCCAAACAAGCCTATAATCAAGTCGCTCAGCTTGCCTTCTCCCATTTCACTTCTCATTTGCATCAAGCATTCAAGAACAAACTTAGGATGTATGCTCAAAGAAA...
LOC131000291
ATGTACAAGTCGAAGCTGCAAGAGCTGTGCCAGAAACAGAAATTGGGGATGCCCAAATACACATGCATCCGAGATGGTGCTGATCACTGCCCTCAGTTTAAGGCCTCCGTCGTCGTCGCCGGCGCCGCCTTCCACAGCCCCTCCGCCGCCAACTCCTCCAAACAAGCCTATAATCAAGTCGCTCAGCTTGCCTTCTCCCATTTCACTTCTCAAAAAAATGTTGGTAAGAAAGAAGTTGAGAGCTCCAAATCGTCTGTCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782108.1
MYKSKLQELCQKQKLGMPKYTCIRDGADHCPQFKASVVVAGAAFHSPSAANSSKQAYNQVAQLAFSHFTSQKNVGKKEVESSKSSVDHNLHQAFKNKLRMYAQRKDLKQPEYKTEKEGDCFKATVSIAEESFTSNELCASAEEAQNSAAATALLALLTDAFHENYKALLHKVGTEEGFIPPVYKTISHGCDSFSSTVEVEGEVFEGAAAQSQKLAELSAAKAAYTALIERKLFEPRDEALEVARRFESCDISYPQQKHES...
XP_057782109.1
MYKSKLQELCQKQKLGMPKYTCIRDGADHCPQFKASVVVAGAAFHSPSAANSSKQAYNQVAQLAFSHFTSHLHQAFKNKLRMYAQRKDLKQPEYKTEKEGDCFKATVSIAEESFTSNELCASAEEAQNSAAATALLALLTDAFHENYKALLHKVGTEEGFIPPVYKTISHGCDSFSSTVEVEGEVFEGAAAQSQKLAELSAAKAAYTALIERKLFEPRDEALEVARRFESCDISYPQQKHESIGESEMKSSYLLCNRVRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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