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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000713

染色体: Chr08 坐标: 5294059-5297042 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000713
名称SmilChr08G000713
描述ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 1 protein
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5294059 - 5297042 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000286
GeneID131000286
locus_tag-
NCBI NameLOC131000286
原始查询SmilChr08G000713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 1 protein
产物ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 1 protein
ArabidopsisAT3G20770 (EIN3)
Ethylene insensitive 3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821625]
identity=66.1; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0324200 (EIL1)
-
identity=57.3; qcov=0.848; evalue=1.56e-163; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04873 (EIN3_DNA-bd); PF27048 (EIN3_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000286

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782100.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782100.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782100.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782100.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782100.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5295202 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B102
Chr8:5295202 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B102
Chr8:5295208 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B118,C61
Chr8:5295208 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 B118,C61
Chr8:5295227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr8:5295356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr8:5295545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr8:5295557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr8:5295734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr8:5295866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B119
Chr8:5295902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr8:5295986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782100.1
539 aa
N
1
270
539
EIN3_N
EIN3_DNA-bd
C
PF27048 EIN3_N 90-161 aa PF04873 EIN3_DNA-bd 181-303 aa
XP_057782101.1
539 aa
N
1
270
539
EIN3_N
EIN3_DNA-bd
C
PF27048 EIN3_N 90-161 aa PF04873 EIN3_DNA-bd 181-303 aa
XP_057782102.1
539 aa
N
1
270
539
EIN3_N
EIN3_DNA-bd
C
PF27048 EIN3_N 90-161 aa PF04873 EIN3_DNA-bd 181-303 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782100.1 Pfam PF27048 EIN3_N Domain 90 161 2.8e-46 155.8 Ethylene insensitive 3, N-terminal domain
XP_057782100.1 Pfam PF04873 EIN3_DNA-bd Domain 181 303 4.6e-69 230.8 Ethylene insensitive 3, DNA-binding domain
XP_057782101.1 Pfam PF27048 EIN3_N Domain 90 161 2.8e-46 155.8 Ethylene insensitive 3, N-terminal domain
XP_057782101.1 Pfam PF04873 EIN3_DNA-bd Domain 181 303 4.6e-69 230.8 Ethylene insensitive 3, DNA-binding domain
XP_057782102.1 Pfam PF27048 EIN3_N Domain 90 161 2.8e-46 155.8 Ethylene insensitive 3, N-terminal domain
XP_057782102.1 Pfam PF04873 EIN3_DNA-bd Domain 181 303 4.6e-69 230.8 Ethylene insensitive 3, DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926117.1
TGTCTCCATAAATTTACAGTTACGAAATAAAAGTCCTCTCCTCTCCTCGCATCATTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTTTTTTCTATATAGGGTCTAGTTTTCCGCACCAAGGAGAGGGTTTGGATTGTTTTTTCTCCGTAGGAAGAATACTCTTGAGGTATAACACCTTTTTAGTGATTCCATTGTAACTGATTTAAAGCTTGAAGTTGGATTAGAGTTCATAATCTGCGATTTTGGTTTGGTTTTGAGGGGATTGAAACGA...
XM_057926119.1
AGAGAGAAAAATATCTCTCTCATCTGCTTCTTCTTCTACTGCTACTTCCTTTTGTTTTCTTGCTGTTTGCTGCTTGATGCTTGGTTCATTTCTTACAGTTTCGCCTTCCTTTTCGGTATAACACCTTTTTAGTGATTCCATTGTAACTGATTTAAAGCTTGAAGTTGGATTAGAGTTCATAATCTGCGATTTTGGTTTGGTTTTGAGGGGATTGAAACGATGATGATGTTTGAAGACATGGGGTTTTGTGGTGACATTGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000286
ATGATGATGTTTGAAGACATGGGGTTTTGTGGTGACATTGATTTCTTGCAATCTCTTCCGGTAAAGGGAGCAGATATGTGTGCTCCTCAGCCTGCTGAGGCGGAGGCGGAGCCGGAGTCGGTGGTAGAGGATGACGACTACACCGATGATGAGATCGACGTGGATGAACTTGAGAAGAGAATGTGGAGGGACAAGATGCGGTTGAAAAGGCTTAAAGAGATGAGCAAGGGGAAAGAAGGTGTTGATTGTGTGAAGCAGCG...
LOC131000286
ATGATGATGTTTGAAGACATGGGGTTTTGTGGTGACATTGATTTCTTGCAATCTCTTCCGGTAAAGGGAGCAGATATGTGTGCTCCTCAGCCTGCTGAGGCGGAGGCGGAGCCGGAGTCGGTGGTAGAGGATGACGACTACACCGATGATGAGATCGACGTGGATGAACTTGAGAAGAGAATGTGGAGGGACAAGATGCGGTTGAAAAGGCTTAAAGAGATGAGCAAGGGGAAAGAAGGTGTTGATTGTGTGAAGCAGCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057782100.1
MMMFEDMGFCGDIDFLQSLPVKGADMCAPQPAEAEAEPESVVEDDDYTDDEIDVDELEKRMWRDKMRLKRLKEMSKGKEGVDCVKQRHSQEQARRKKMSRAQDGILKYMLKMMEVCKAQGFVYGIIPEKGKPVSGASDNLREWWKEKVRFDRNGPAAIAKYQSDNMIPGKKEGCAPIGPTPHTLQELQDTTLGSLLSALMQHCDPPQRRFPLEKGVSPPWWPTGKEEWWHQLGLQRDQGGPPPYKKPHDLKKAFKVGVLT...
XP_057782101.1
MMMFEDMGFCGDIDFLQSLPVKGADMCAPQPAEAEAEPESVVEDDDYTDDEIDVDELEKRMWRDKMRLKRLKEMSKGKEGVDCVKQRHSQEQARRKKMSRAQDGILKYMLKMMEVCKAQGFVYGIIPEKGKPVSGASDNLREWWKEKVRFDRNGPAAIAKYQSDNMIPGKKEGCAPIGPTPHTLQELQDTTLGSLLSALMQHCDPPQRRFPLEKGVSPPWWPTGKEEWWHQLGLQRDQGGPPPYKKPHDLKKAFKVGVLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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