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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000716

染色体: Chr08 坐标: 5308116-5313033 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000716
名称SmilChr08G000716
描述protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5308116 - 5313033 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000284
GeneID131000284
locus_tag-
NCBI NameLOC131000284
原始查询SmilChr08G000716

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
产物protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
ArabidopsisAT2G27090 (AT2G27090)
bZIP transcription factor (DUF630 and DUF632) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817251]
identity=48.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0321500
-
identity=35.3; qcov=1.14; evalue=2.97e-148; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04782 (DUF632); PF04783 (DUF630)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782095.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057782095.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782095.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782095.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5308356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:5308433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B5,C77
Chr8:5308434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:5308455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:5308594 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C54
Chr8:5308594 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C54
Chr8:5308597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr8:5308639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr8:5308921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,D5
Chr8:5309146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B83,C57,D8
Chr8:5309721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B85
Chr8:5309800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B29,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782095.1
736 aa
N
1
368
736
DUF630
DUF632
C
PF04783 DUF630 1-58 aa PF04782 DUF632 311-651 aa
XP_057782096.1
736 aa
N
1
368
736
DUF630
DUF632
C
PF04783 DUF630 1-58 aa PF04782 DUF632 311-651 aa
XP_057782097.1
736 aa
N
1
368
736
DUF630
DUF632
C
PF04783 DUF630 1-58 aa PF04782 DUF632 311-651 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782095.1 Pfam PF04783 DUF630 Family 1 58 8.6e-22 77.8 Protein of unknown function (DUF630)
XP_057782095.1 Pfam PF04782 DUF632 Family 311 651 4.2e-101 339.1 Protein of unknown function (DUF632)
XP_057782096.1 Pfam PF04783 DUF630 Family 1 58 8.6e-22 77.8 Protein of unknown function (DUF630)
XP_057782096.1 Pfam PF04782 DUF632 Family 311 651 4.2e-101 339.1 Protein of unknown function (DUF632)
XP_057782097.1 Pfam PF04783 DUF630 Family 1 58 8.6e-22 77.8 Protein of unknown function (DUF630)
XP_057782097.1 Pfam PF04782 DUF632 Family 311 651 4.2e-101 339.1 Protein of unknown function (DUF632)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926113.1
TTTATTTTTTCACACCCTAAAAAGTGATTTACAGTAGAATTTCCATTTCTTCTGTTATGTTAATGTCAGATGCAGCGAAGGAGAGGACCCCGCCTCCACCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCTGCCACAATGGGATTTCCATTTCACTGCAATTTGCATGCAAGCTTTGTTGCAACCCCGATTTGCCTTTTTCCTACGTGACAGGCTTGCTGCCATACACGCACTCACACACACAATCTCTCTCTCTCTC...
XM_057926114.1
TTCACACCCTAAAAAGTGATTTACAGTAGAATTTCCATTTCTTCTGTTATGTTAATGTCAGATGCAGCGAAGGAGAGGACCCCGCCTCCACCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCTGCCACAATGGGATTTCCATTTCACTGCAATTTGCATGCAAGCTTTGTTGCAACCCCGATTTGCCTTTTTCCTACGTGACAGGCTTGCTGCCATACACGCACTCACACACACAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000284
ATGGGAGTCTCGAATTCCCGGTTGGAAGAAGACAAGAGCCTGCAGCTCTGCCGCGCTAGGAAGAAATTCATCAAACAAGCACTTAATGGCAGGTGTTCCCTTGCAGCAGCTCACACTGCTTACATTGAGGAATTGAAAATCATAGGAGCTGCTTTGAGAAGATTTGTGGAACCTGATCAGCTTCAGCTTGAATTTTTAGCCTATCCTGCAACAAGTGCTACTCCTCAGCCACTTGCTTTGACTGAGAAGTCTGTCACTCG...
LOC131000284
ATGGGAGTCTCGAATTCCCGGTTGGAAGAAGACAAGAGCCTGCAGCTCTGCCGCGCTAGGAAGAAATTCATCAAACAAGCACTTAATGGCAGGTGTTCCCTTGCAGCAGCTCACACTGCTTACATTGAGGAATTGAAAATCATAGGAGCTGCTTTGAGAAGATTTGTGGAACCTGATCAGCTTCAGCTTGAATTTTTAGCCTATCCTGCAACAAGTGCTACTCCTCAGCCACTTGCTTTGACTGAGAAGTCTGTCACTCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057782095.1
MGVSNSRLEEDKSLQLCRARKKFIKQALNGRCSLAAAHTAYIEELKIIGAALRRFVEPDQLQLEFLAYPATSATPQPLALTEKSVTRLSLASPSQSQHVDAQLPSPSQYQAHPMKFTGTVSRKIEEKPPVPVVVSVDSTTTPPGAVSSFETPSDNPPWDYFGLFHHVDNEYSAVDQGSEFSDEIRHLGEEEGIPDLEDVRVSSSSEETHESEEEFDEPPIASLVRSFKNVNTAAEGVGNGESAISTESETKHKMNERNAD...
XP_057782096.1
MGVSNSRLEEDKSLQLCRARKKFIKQALNGRCSLAAAHTAYIEELKIIGAALRRFVEPDQLQLEFLAYPATSATPQPLALTEKSVTRLSLASPSQSQHVDAQLPSPSQYQAHPMKFTGTVSRKIEEKPPVPVVVSVDSTTTPPGAVSSFETPSDNPPWDYFGLFHHVDNEYSAVDQGSEFSDEIRHLGEEEGIPDLEDVRVSSSSEETHESEEEFDEPPIASLVRSFKNVNTAAEGVGNGESAISTESETKHKMNERNAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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