Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000718`

染色体: Chr08 坐标: 5323551-5330299 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000718`
名称	SmilChr08G000718
描述	serrate RNA effector molecule-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5323551 - 5330299 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000283`
GeneID	`131000283`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000283`
原始查询	`SmilChr08G000718`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serrate RNA effector molecule-like
产物	serrate RNA effector molecule-like
Arabidopsis	`AT2G27100` (SE) C2H2 zinc-finger protein SERRATE (SE) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817252] identity=64.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0698859` - identity=62; qcov=0.846; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006397 (mRNA processing); GO:0016604 (nuclear body); GO:0031053 (primary miRNA processing)
KEGG	-
Pfam	PF04959 (ARS2); PF12066 (SERRATE_Ars2_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000283

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782094.1`
2	Nuclear speckle	核斑点	0.40000	`XP_057782094.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057782094.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782094.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782094.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5323704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B77
`Chr8:5323777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B35
`Chr8:5323792`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr8:5323800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B27,B62,C36
`Chr8:5323896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B27,C21,C53,C77
`Chr8:5324035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B3
`Chr8:5327398`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B62,C36,C53,C77
`Chr8:5327431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B129,B29,B79,C15
`Chr8:5327561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C22
`Chr8:5327736`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B45
`Chr8:5327966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:5327975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782094.1

751 aa

376

751

SERRATE_Ars2_N

ARS2

PF12066 SERRATE_Ars2_N 219-300 aa PF04959 ARS2 462-651 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782094.1`	Pfam	`PF12066`	SERRATE_Ars2_N	Domain	219	300	4.5e-22	79.0	SERRATE/Ars2, N-terminal domain
`XP_057782094.1`	Pfam	`PF04959`	ARS2	Family	462	651	1.3e-38	133.9	Arsenite-resistance protein 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926111.1
ATAGTAATAGTAGTAGTATTATTTCATCTCAAAAACCCCAACCCAATCTTGAAATCTCGGCACCGCACTCGCAAGCACGCTGTCTTAAAGAAGCAAATTAGGGTTTCGCCACTCAATCTGATAATCATCGCCGATGGCCGAAGTTTTGAGCGCCACCGAGGAAAATATCGACCGCCGCCGAGAAAAGGATACCGACGAAAAGCCTCCCGACGCCGCCCCCTCCGATGCTGCTCCGGGCGACGCATCACCGCCTCCTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000283
ATGGCCGAAGTTTTGAGCGCCACCGAGGAAAATATCGACCGCCGCCGAGAAAAGGATACCGACGAAAAGCCTCCCGACGCCGCCCCCTCCGATGCTGCTCCGGGCGACGCATCACCGCCTCCTCCTCCGCCTCAGCCGCCGCGCCGCGGCATCCGAGACCGCGAGCGCGACTCCCGAGATCGGCGTGATGACCGGGACTATGACCGCCCTCCGCGGCGCGAATACTATGATCGCAACCGATCGCCGCCTCCGCCCCCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782094.1
MAEVLSATEENIDRRREKDTDEKPPDAAPSDAAPGDASPPPPPPQPPRRGIRDRERDSRDRRDDRDYDRPPRREYYDRNRSPPPPPPRERDYHKRGRMSPSPPPPPYRDRRGGGPHSPPPRRSPPFPPYKRRRDDVYDGRRGSPRGGYGPGDRRFGYDYPGGYDRDNGGRPGYPDERPHGRYMGRGGGGYQGDWDSGRGGFADTFGAGGTQREGMMSYKQFIQELEDDILPSEAERRYQEYRTEYISTQKRTYFNAHKDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器