当前解析结果
SmilChr08G000731| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000731 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000731 |
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 13 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5420603 - 5421594 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000310 |
|---|---|
| GeneID | 131000310 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000310 |
| 原始查询 | SmilChr08G000731 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 13 |
| 产物 | NDR1/HIN1-like protein 13 |
| Arabidopsis | AT2G27080 (AT2G27080)Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817250] identity=43.1; qcov=0.966; evalue=1.17e-75; confidence=medium |
| Rice | Os01g0812100- identity=39.1; qcov=0.927; evalue=4.24e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03168 (LEA_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000310 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057782138.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782138.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782138.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782138.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782138.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5420751 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B119,C14,C44,C50 |
Chr8:5420820 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr8:5421026 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,B79 |
Chr8:5421156 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr8:5421377 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782138.1PF03168
LEA_2 135-237 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782138.1 |
Pfam | PF03168 |
LEA_2 | Domain | 135 | 237 | 2.4e-10 | 41.5 | Late embryogenesis abundant protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。