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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000735

染色体: Chr08 坐标: 5445245-5447615 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000735
名称SmilChr08G000735
描述uncharacterized SmilChr08G000735
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5445245 - 5447615 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000313
GeneID131000313
locus_tag-
NCBI NameLOC131000313
原始查询SmilChr08G000735

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818926]; symbol=AT2G43250; hit=AT2G43250; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818926]; symbol=AT2G43250; hit=AT2G43250; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G43250 (AT2G43250)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818926]
identity=53.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0490700
-
identity=43.2; qcov=1.06; evalue=9.29e-163; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057782141.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057782141.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057782141.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782141.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782141.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5445423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B64,B84,C43
Chr8:5445495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B18
Chr8:5445736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:5446001 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 8 A8,B34,B36,B86,B98,C31,C65,C80
Chr8:5446005 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 8 A8,B34,B36,B86,B98,C31,C65,C80
Chr8:5446031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5446032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,D9
Chr8:5446416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B74,C35,C82
Chr8:5446506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B77,B95,B99,D1
Chr8:5446679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr8:5446846 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B56
Chr8:5446846 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926158.1
ATATGATGATTGATGAATGTATATTTTGTATATTAGAATTGCATTAGGTCAAATATGTTATGTGAAAAAATTGAGGAGATTAACATCGTGATTAGTTGAAACAGCGTGAGTCTTGCTTCGTCTTCCCTCCTGATTCAAGATTTTTCGGAATCTCCCAGAACCCTAATTCACAATCCCCACCAGGTATTTTAACTTCGTCTTCTCTCTCTATCTCTGCGTGGCTCCAATTTTATCAATCTCGAACGTCGCCGGCGGCTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000313
ATGCTGGCCTTGGTGGAATATGTTAGAAACCTATGGCCTCTCTCCACTCTAATCTTTTACAATAATCACGACGACTTGAGGGCATCCGATGGGATTGTCAAGAAATTATCGATTCCCGAAAGCACGAAGCATTTCGTTTACGCGATTCGCGAGCCCGAATCGCAGGCGGTGATATACGTACTAGCTGTTCAGAATCTGTCGGAGAGGTCGGCTTCGGATGCCGAGTGTTTGATCAGAGAGATTAAGCCCGATGCAGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782141.1
MLALVEYVRNLWPLSTLIFYNNHDDLRASDGIVKKLSIPESTKHFVYAIREPESQAVIYVLAVQNLSERSASDAECLIREIKPDAVVVQVGQLSESEMAGLRETRVGLIDENGGFSGDDTVPTSVFEVLMNCFMHKTNKDKYEDVAGSLVLREIFGVSFNGHLVAAKKAAEEVGSSFLMLESPFVKCNLGGDVEGESGGGDSGFPSVFGLQMTSLVSKNVGSPMLSLNSRAFRALDEVQSQMVKSLSSILLRASPPMKLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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