Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000736`

染色体: Chr08 坐标: 5450491-5457913 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000736`
名称	SmilChr08G000736
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5450491 - 5457913 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000314`
GeneID	`131000314`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000314`
原始查询	`SmilChr08G000736`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3
Arabidopsis	`AT2G27110` (FRS3) FAR1-related sequence 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817253] identity=62.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0655600` - identity=38.3; qcov=0.782; evalue=9.64e-158; confidence=medium
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000314

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782143.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782143.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782143.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782143.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057782143.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5453283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,C51
`Chr8:5453318`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr8:5454031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:5454881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B62,C21,C53,C59
`Chr8:5455626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr8:5455663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B118,B13,B3,B66
`Chr8:5455874`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr8:5455949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B66
`Chr8:5456166`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B64
`Chr8:5456166`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B64
`Chr8:5456615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A25
`Chr8:5456777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782143.1

872 aa

436

872

FAR1

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

SWIM

PF03101 FAR1 64-131 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 229-351 aa PF10551 MULE 269-360 aa PF04434 SWIM 551-581 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782143.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	64	131	8.5e-10	40.0	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057782143.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	229	351	5e-11	43.4	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057782143.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	269	360	4.1e-23	82.3	MULE transposase domain
`XP_057782143.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	551	581	3.4e-10	39.9	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093707.1
AATTGCGGACTTTCTTTGACGCAATCTCAGCCGCTGATCAAAATCAACGGCTAAGAAGCTCGCGCCCACTAAAATCCTTTGGTATACACGCGACACGCACTCACTCTCTCCCTCTCTTCCCCGTTCCCTTCAATCGACGTCGCCGGTGTTCGCAAAACGCCGTCGTACCACCCTTGTCAGTTTAATTGGAGCCCTAGAATTTCAATTGCGCCTAATTTATGACGGATCCTGAGAAATACTCTTGCTTATCTGCGTATTTG...

XM_057926160.1
CGTATCAGCCATCGACAAATTGCGGACTTTCTTTGACGCAATCTCAGCCGCTGATCAAAATCAACGGCTAAGAAGCTCGCGCCCACTAAAATCCTTTGGTATACACGCGACACGCACTCACTCTCTCCCTCTCTTCCCCGTTCCCTTCAATCGACGTCGCCGGTGTTCGCAAAACGCCGTCGTACCACCCTTGTCAGTTTAATTGGAGCCCTAGAATTTCAATTGCGCCTAATTTATGACGGATCCTGAGAAATACTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000314
ATGGATGCTAGATTGGTAGGTATCAAAGAGGGGAATATGGACCAACATGGGGGGCTGGCAGATGATGGGGACGATGATTCTAATAGCAGCGGAGAAATGGATGCTTCTGGGCACTCACTGGTTGAGGATGGTATTTTTGCTGAACCGTATGTTGGGATGGAATTCGACTCCGAAAATGCAGCAAAGATGTTTTATGAAGACTATGCAAGAACTCTGGGGTTTAGTGCTCGAGTTTGCTTTGACCGCTCAACCTCCAGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782143.1
MDARLVGIKEGNMDQHGGLADDGDDDSNSSGEMDASGHSLVEDGIFAEPYVGMEFDSENAAKMFYEDYARTLGFSARVCFDRSTSREFVCSRDGLKKRAGESCGAMLRIEPRGQNKWVVTKFVKDHSHTIVSRSKLRCLRPKRHFAATTNSAAETFQDVDLVPSGIMYVSMDGNGVSSEINHVGKNMNASGINHTVKNIGAPGLTPGYSNQRRTLGRDAQNLLDYFKKMQAENPGFYYAIQLDEENRMANAFWADSRSRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器