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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000742

染色体: Chr08 坐标: 5493639-5499180 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000742
名称SmilChr08G000742
描述uncharacterized SmilChr08G000742
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5493639 - 5499180 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000320
GeneID131000320
locus_tag-
NCBI NameLOC131000320
原始查询SmilChr08G000742

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]; symbol=AT1G80930; hit=AT1G80930; species=arabidopsis; confidence=high
产物MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]; symbol=AT1G80930; hit=AT1G80930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G80930 (AT1G80930)
MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]
identity=72.8; qcov=0.812; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0256300 (Os12g15420)
-
identity=81.8; qcov=0.619; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG-
PfamPF02847 (MA3); PF02854 (MIF4G)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000320

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782156.1
2 Nuclear speckle 核斑点 0.60000 XP_057782156.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057782156.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782156.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782156.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5494145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:5494227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B2,B46,C72,D10
Chr8:5494276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr8:5494311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:5494315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr8:5494318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:5494534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr8:5494655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B36,B9
Chr8:5494843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr8:5495122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B106,B13,C1,C30
Chr8:5495161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:5495341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782156.1
861 aa
N
1
430
861
MIF4G
MA3
C
PF02854 MIF4G 319-500 aa PF02847 MA3 610-716 aa
XP_057782157.1
861 aa
N
1
430
861
MIF4G
MA3
C
PF02854 MIF4G 319-500 aa PF02847 MA3 610-716 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782156.1 Pfam PF02854 MIF4G Repeat 319 500 5.1e-18 66.2 MIF4G domain
XP_057782156.1 Pfam PF02847 MA3 Repeat 610 716 5e-31 107.7 MA3 domain
XP_057782157.1 Pfam PF02854 MIF4G Repeat 319 500 5.1e-18 66.2 MIF4G domain
XP_057782157.1 Pfam PF02847 MA3 Repeat 610 716 5e-31 107.7 MA3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093712.1
GTAAATACAGAAAATAGGCGCAAATGCTTACAAAATTTCGCTCCACTAGGTTTTAAACCCACAACTCGTCACTTGCATCACCGCCTCAGCAGCTCCGCTGCGCGCCTGCGCGCTCTATTGATATTAATTTCATTCACAGATATATACATAAGGTAGTAAATCCCTTGTATTTTTTTTTTTAATATAGCGCTCACCGTGAGCGCTGCGCTCAGACAAGTGCGTCCCAAATTTGTTAGGCGTTTGAATTGGGGAAAGCAAAG...
XR_009093711.1
GTAAATACAGAAAATAGGCGCAAATGCTTACAAAATTTCGCTCCACTAGGTTTTAAACCCACAACTCGTCACTTGCATCACCGCCTCAGCAGCTCCGCTGCGCGCCTGCGCGCTCTATTGATATTAATTTCATTCACAGATATATACATAAGGTAGTAAATCCCTTGTATTTTTTTTTTTAATATAGCGCTCACCGTGAGCGCTGCGCTCAGACAAGTGCGTCCCAAATTTGTTAGGCGTTTGAATTGGGGAAAGCAAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000320
ATGGCTCGGAGGCGTCGCAATGATTCAAGCAGCAGTGAGGATGAGGAGAAGCAAACTAGGCATTCGCGATATGAGAGGAGCGAGAACAATCCAAATGCCGATGATTCTAGCAGTGGCGGCCACGATGACAGGAGAGACAGGAGGAAAACCGATCTGAAATTGGAGGGCACAAGTAGGTCAGAGAGTAAGGATTCGGATCCTGAGCATAGGAAGAGTAGGAGAGGTGATTTGTCAAGGGAGAGGAAATCGCGGCATGACTC...
LOC131000320
ATGGCTCGGAGGCGTCGCAATGATTCAAGCAGCAGTGAGGATGAGGAGAAGCAAACTAGGCATTCGCGATATGAGAGGAGCGAGAACAATCCAAATGCCGATGATTCTAGCAGTGGCGGCCACGATGACAGGAGAGACAGGAGGAAAACCGATCTGAAATTGGAGGGCACAAGTAGGTCAGAGAGTAAGGATTCGGATCCTGAGCATAGGAAGAGTAGGAGAGGTGATTTGTCAAGGGAGAGGAAATCGCGGCATGACTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782156.1
MARRRRNDSSSSEDEEKQTRHSRYERSENNPNADDSSSGGHDDRRDRRKTDLKLEGTSRSESKDSDPEHRKSRRGDLSRERKSRHDSESKDLNRSSDDRRIDEIERKSRRDEKPRHDDDREDDRSGRKDRGRGRDLESDRRRGRESDDEEEEEGEYRVREDDRKERPRDRGRDGRKERPRDRERERDDRRDRDRERDGRRDRERERDGRRDRERDRDDRRDRERERGHADNGDRRERDREGDRRHDENGDRYKSSKNERN...
XP_057782157.1
MARRRRNDSSSSEDEEKQTRHSRYERSENNPNADDSSSGGHDDRRDRRKTDLKLEGTSRSESKDSDPEHRKSRRGDLSRERKSRHDSESKDLNRSSDDRRIDEIERKSRRDEKPRHDDDREDDRSGRKDRGRGRDLESDRRRGRESDDEEEEEGEYRVREDDRKERPRDRGRDGRKERPRDRERERDDRRDRDRERDGRRDRERERDGRRDRERDRDDRRDRERERGHADNGDRRERDREGDRRHDENGDRYKSSKNERN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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