当前解析结果
SmilChr08G000751| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000751 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000751 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000751 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5542918 - 5545560 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000329 |
|---|---|
| GeneID | 131000329 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000329 |
| 原始查询 | SmilChr08G000751 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DRAP2; symbol=DRAP2; hit=Os05g0494100; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | DRAP2; symbol=DRAP2; hit=Os05g0494100; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G19490 (AT5G19490)Histone superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832069] identity=45.8; qcov=1.04; evalue=2.46e-52; confidence=high |
| Rice | Os05g0494100 (DRAP2)- identity=42.4; qcov=1.05; evalue=5.98e-53; confidence=medium |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046982 (protein heterodimerization activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00808 (CBFD_NFYB_HMF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000329 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782167.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782167.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782167.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782167.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057782167.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5543225 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr8:5543336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:5543583 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B35,C61 |
Chr8:5543583 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B35,C61 |
Chr8:5544353 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B67,C19,C65 |
Chr8:5544354 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782167.1PF00808
CBFD_NFYB_HMF 8-71 aa
XP_057782168.1PF00808
CBFD_NFYB_HMF 8-62 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782167.1 |
Pfam | PF00808 |
CBFD_NFYB_HMF | Domain | 8 | 71 | 2.5e-19 | 70.0 | Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone |
XP_057782168.1 |
Pfam | PF00808 |
CBFD_NFYB_HMF | Domain | 8 | 62 | 7.3e-11 | 42.9 | Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。