当前解析结果
SmilChr08G000761| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000761 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000761 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000761 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5614699 - 5616929 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000341 |
|---|---|
| GeneID | 131000341 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000341 |
| 原始查询 | SmilChr08G000761 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Late embryosis abundant protein (LEA) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825432]; symbol=AT3G62580; hit=AT3G62580; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Late embryosis abundant protein (LEA) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825432]; symbol=AT3G62580; hit=AT3G62580; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G62580 (AT3G62580)Late embryosis abundant protein (LEA) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825432] identity=76.5; qcov=1; evalue=7.81e-124; confidence=high |
| Rice | Os11g0673100- identity=66; qcov=1.01; evalue=5.54e-107; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13664 (DUF4149) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000341 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057782191.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057782191.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.40000 | XP_057782191.1 |
| 4 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057782191.1 |
| 5 | Peroxisome membrane | 过氧化物酶体膜 | 0.20000 | XP_057782191.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5614888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B35,B94,C33,C61 |
Chr8:5614948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr8:5614971 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr8:5615896 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B73 |
Chr8:5615896 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr8:5616757 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782191.1PF13664
DUF4149 47-149 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782191.1 |
Pfam | PF13664 |
DUF4149 | Domain | 47 | 149 | 1.7e-30 | 106.0 | Domain of unknown function (DUF4149) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。