Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000765`

染色体: Chr08 坐标: 5660201-5664598 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000765`
名称	SmilChr08G000765
描述	probable beta-D-xylosidase 2
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5660201 - 5664598 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000346`
GeneID	`131000346`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000346`
原始查询	`SmilChr08G000765`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable beta-D-xylosidase 2
产物	probable beta-D-xylosidase 2
Arabidopsis	`AT1G02640` (BXL2) beta-xylosidase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837940] identity=72.7; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0673200` - identity=63.8; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009044 (xylan 1,4-beta-xylosidase activity); GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0031222 (arabinan catabolic process); GO:0045493 (xylan catabolic process); GO:0046556 (alpha-L-arabinofuranosidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00933 (Glyco_hydro_3); PF01915 (Glyco_hydro_3_C); PF14310 (Fn3-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000346

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057782199.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782199.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782199.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782199.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782199.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5660546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr8:5660696`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D1
`Chr8:5660696`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D1
`Chr8:5660748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr8:5660767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:5660908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,B44
`Chr8:5660939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B53,C46
`Chr8:5661439`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:5661481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B104,B45
`Chr8:5661512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:5661513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr8:5661741`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B107,B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782199.1

764 aa

382

764

Glyco_hydro_3

Glyco_hydro_3_C

Fn3-like

PF00933 Glyco_hydro_3 101-339 aa PF01915 Glyco_hydro_3_C 388-618 aa PF14310 Fn3-like 683-747 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782199.1`	Pfam	`PF00933`	Glyco_hydro_3	Domain	101	339	1.1e-32	114.5	Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain
`XP_057782199.1`	Pfam	`PF01915`	Glyco_hydro_3_C	Domain	388	618	1.4e-53	182.6	Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain
`XP_057782199.1`	Pfam	`PF14310`	Fn3-like	Family	683	747	4.7e-09	37.0	Fibronectin type III-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926216.1
AAAATAAATATAATAAATAGCATTAAATGACACGAATTGCTCATTTGTTGATCACATTTTTGTTGTTGACGACTCCACCTAATGAATTGAAACAACAAAAAATACATGACTCCATATAATCAAGAGCTTCCTTAAAAAGAAAGCTCGTGTTATTTGCAACTTGCATCTTTTACCTCCAAAATAGTAAATTTGAAAATTGCGCTTTCCACTTTTCATCCTCGCAACTTGCAACCTCTCTCTCTCCTCTGTTTCTCTCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000346
ATGAAAACATCCCTCGCCATTCTCTTCCTACTGTTGGCTGCGGTCGGAGCGCGGGAGCCATTCGCCTGCGATCCGAGCGACGCCGCGACCAAAACGCTGCCGTTCTGCCGCGCGGATTTGCGCACGGAGGAGAGAGTCAGGGATTTGATCGGGAGGCTGACGCTGCAGGAGAAGGTGAAGCTGCTGGGGAACAATGCCGCCGCCGTGCCGCGGATGGGGATCAAGGGGTACGAGTGGTGGTCGGAGGCGCTCCACGGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782199.1
MKTSLAILFLLLAAVGAREPFACDPSDAATKTLPFCRADLRTEERVRDLIGRLTLQEKVKLLGNNAAAVPRMGIKGYEWWSEALHGVSNVGPGTRFGGDFPGATSFPQVINSAASFNASLWEEIGKVVSDEARAMYNGGAAGLTYWSPNVNILRDPRWGRGQETPGEDPLVAGEYAARYVRGLQGTEGGDRLKVAACCKHYTAYDLDNWSGVDRFHFNAKVSKQDMVDTFDIPFRSCVKQGNVASVMCSYNQVNGIPTCA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器