当前解析结果
SmilChr08G000770| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000770 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000770 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000770 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5679350 - 5680662 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000349 |
|---|---|
| GeneID | 131000349 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000349 |
| 原始查询 | SmilChr08G000770 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | multidrug resistance protein ABC transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827380]; symbol=AT4G02090; hit=AT4G02090; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | multidrug resistance protein ABC transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827380]; symbol=AT4G02090; hit=AT4G02090; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT4G02090 (AT4G02090)multidrug resistance protein ABC transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827380] identity=40.8; qcov=1.11; evalue=7.42e-40; confidence=medium |
| Rice | Os03g0305200- identity=33.3; qcov=1; evalue=5.05e-20; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14009 (PADRE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000349 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057782202.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782202.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782202.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782202.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782202.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5679794 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C32,C68,C9,D10 |
Chr8:5679834 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr8:5680079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr8:5680080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B82 |
Chr8:5680101 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C9,D10 |
Chr8:5680104 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr8:5680106 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B45,B52,C14 |
Chr8:5680176 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr8:5680304 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C32,C68,C9,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782202.1PF14009
PADRE 1-184 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782202.1 |
Pfam | PF14009 |
PADRE | Domain | 1 | 184 | 1.2e-24 | 88.5 | PADRE domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。