当前解析结果
SmilChr08G000771| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000771 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000771 |
| 描述 | universal stress protein A-like protein |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5683440 - 5691398 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000353 |
|---|---|
| GeneID | 131000353 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000353 |
| 原始查询 | SmilChr08G000771 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | universal stress protein A-like protein |
| 产物 | universal stress protein A-like protein |
| Arabidopsis | AT3G62550 (AT3G62550)Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825429] identity=61.9; qcov=0.934; evalue=7.85e-67; confidence=high |
| Rice | Os03g0305400- identity=45.2; qcov=1; evalue=1.21e-49; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00582 (Usp) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000353 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057782206.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057782206.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057782206.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782206.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782206.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5683946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr8:5683994 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr8:5684179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr8:5684337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr8:5684402 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr8:5684466 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,C10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782206.1PF00582
Usp 4-156 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782206.1 |
Pfam | PF00582 |
Usp | Domain | 4 | 156 | 1.4e-28 | 100.9 | Universal stress protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。