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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000771

染色体: Chr08 坐标: 5683440-5691398 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000771
名称SmilChr08G000771
描述universal stress protein A-like protein
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5683440 - 5691398 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000353
GeneID131000353
locus_tag-
NCBI NameLOC131000353
原始查询SmilChr08G000771

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述universal stress protein A-like protein
产物universal stress protein A-like protein
ArabidopsisAT3G62550 (AT3G62550)
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825429]
identity=61.9; qcov=0.934; evalue=7.85e-67; confidence=high
RiceOs03g0305400
-
identity=45.2; qcov=1; evalue=1.21e-49; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00582 (Usp)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000353

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057782206.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057782206.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057782206.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782206.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782206.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5683946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr8:5683994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr8:5684179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr8:5684337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:5684402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr8:5684466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782206.1
166 aa
N
1
83
166
Usp
C
PF00582 Usp 4-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782206.1 Pfam PF00582 Usp Domain 4 156 1.4e-28 100.9 Universal stress protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926223.1
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGATGAGTGAGAGGAAAGTAGTGGTGGCAGTGGACGAAAGTGAAGAAAGCATGTATGCTCTATCATGGTGTCTCACCAATCTCCTATCACCAAAAAACAACAATCCAAACACCACCTTAATCCTCCTCTACGTCAAACCACCTATTCCTTCTTACTCATCTCTAGATCTCACAGGGTTTTTATTCGCGGGAGATGCGATTGCAAGCATGGAGAGATACAGCAGGGATTTGGCGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000353
ATGAGTGAGAGGAAAGTAGTGGTGGCAGTGGACGAAAGTGAAGAAAGCATGTATGCTCTATCATGGTGTCTCACCAATCTCCTATCACCAAAAAACAACAATCCAAACACCACCTTAATCCTCCTCTACGTCAAACCACCTATTCCTTCTTACTCATCTCTAGATCTCACAGGGTTTTTATTCGCGGGAGATGCGATTGCAAGCATGGAGAGATACAGCAGGGATTTGGCGAATTCGGTGATGCAAAGGGCCGAGGCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782206.1
MSERKVVVAVDESEESMYALSWCLTNLLSPKNNNPNTTLILLYVKPPIPSYSSLDLTGFLFAGDAIASMERYSRDLANSVMQRAEAVCNRCNTTVQVEKKVGSGDAKDVICVAVDKLEADILVMGSHDYGFFKRALLGSVSDYCAKHVKCPLVVVKRPDTTKEYQI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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