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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000776

染色体: Chr08 坐标: 5712367-5724914 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000776
名称SmilChr08G000776
描述uncharacterized SmilChr08G000776
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5712367 - 5724914 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000357
GeneID131000357
locus_tag-
NCBI NameLOC131000357
原始查询SmilChr08G000776

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WD40 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819354]; symbol=AT2G47410; hit=AT2G47410; species=arabidopsis; confidence=medium
产物WD40 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819354]; symbol=AT2G47410; hit=AT2G47410; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G47410 (AT2G47410)
WD40 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819354]
identity=62.8; qcov=0.598; evalue=0; confidence=medium
RiceOs03g0306200 (OsWD40-69)
-
identity=54.2; qcov=0.132; evalue=4.75e-77; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0007010 (cytoskeleton organization); GO:0008360 (regulation of cell shape)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF00439 (Bromodomain); PF25313 (BRWD_AD); PF25437 (BRWD1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000357

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782211.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782211.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782211.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782211.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782211.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5712770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B95,C26
Chr8:5712868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr8:5712869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B22
Chr8:5712878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B22
Chr8:5712887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:5713263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B95
Chr8:5713378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr8:5713431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B95
Chr8:5713860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:5713938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C10
Chr8:5714120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:5714136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782211.1
1640 aa
N
1
820
1640
BRWD1_N
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
BRWD_AD
Bromodomain
C
PF25437 BRWD1_N 42-139 aa PF00400 WD40 237-273 aa PF00400 WD40 279-314 aa PF00400 WD40 320-360 aa PF00400 WD40 395-426 aa PF00400 WD40 578-617 aa PF25313 BRWD_AD 1352-1525 aa PF00439 Bromodomain 1579-1626 aa
XP_057782212.1
1640 aa
N
1
820
1640
BRWD1_N
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
BRWD_AD
Bromodomain
C
PF25437 BRWD1_N 42-139 aa PF00400 WD40 237-273 aa PF00400 WD40 279-314 aa PF00400 WD40 320-360 aa PF00400 WD40 395-426 aa PF00400 WD40 578-617 aa PF25313 BRWD_AD 1352-1525 aa PF00439 Bromodomain 1579-1626 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782211.1 Pfam PF25437 BRWD1_N Domain 42 139 6e-34 116.9 BRWD1-like, N-terminal domain
XP_057782211.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 237 273 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782211.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 279 314 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782211.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 320 360 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782211.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 395 426 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782211.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 578 617 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782211.1 Pfam PF25313 BRWD_AD Domain 1352 1525 3.9e-62 210.0 BRWD/PHIP ancillary domain-like domain
XP_057782211.1 Pfam PF00439 Bromodomain Domain 1579 1626 6.1e-07 30.0 Bromodomain
XP_057782212.1 Pfam PF25437 BRWD1_N Domain 42 139 6e-34 116.9 BRWD1-like, N-terminal domain
XP_057782212.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 237 273 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782212.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 279 314 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782212.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 320 360 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782212.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 395 426 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782212.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 578 617 1.3e-43 146.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057782212.1 Pfam PF25313 BRWD_AD Domain 1352 1525 3.9e-62 210.0 BRWD/PHIP ancillary domain-like domain
XP_057782212.1 Pfam PF00439 Bromodomain Domain 1579 1626 6.1e-07 30.0 Bromodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926229.1
CTTTTGGTTCGATAAAATAAAGAAAAAAGGAAAAATAATTCGGCCTTAATTCGGACAAAGCCGCCCCCTCTAACCGGCACATACCCCTACCTTTGCTCAGCATCGCGCCGCCTCCGCCCACCGCTCTCCGGCAGCCGGATCGGCCCTGCCACCTCCCTCCATTCTTCACGCAGCGGTTCTAATCGATCGTTGAATGAGGACGCTCGGAGCTAATTATCGGCGCTCGTCTTCTTTGGAGGAGCTAATTTCAACCCGTTGTA...
XM_057926228.1
AAAATAAAGAAAAAAGGAAAAATAATTCGGCCTTAATTCGGACAAAGCCGCCCCCTCTAACCGGCACATACCCCTACCTTTGCTCAGCATCGCGCCGCCTCCGCCCACCGCTCTCCGGCAGCCGGATCGGCCCTGCCACCTCCGTACACGAGCAATTTCCTCCATTCTTCACGCAGCGGTTCTAATCGATCGTTGAATGAGGACGCTCGGAGCTAATTATCGGCGCTCGTCTTCTTTGGAGGAGCTAATTTCAACCCGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000357
ATGGATTGTAGGAAATATACATGTGTTAGCAATGCACCTTCTATGAATGTGGGTACCATAAGTTTCCCAAGTAAGGCACATGCTAAACAACAAATGATAGATCATGAGGAAGCTGCAGATTGTGCTGCTTCCATGGATGTTGATGTTGACCTCCGTGAAATTTATTTTCTGATTATGCATTTTCTATCTTCTGGGCCATGCCAAAAAACATTTCGGCAACTTCATGAGGAACTTCTGGAGCATGGGCTCTTACCTAGAAG...
LOC131000357
ATGGATTGTAGGAAATATACATGTGTTAGCAATGCACCTTCTATGAATGTGGGTACCATAAGTTTCCCAAGTAAGGCACATGCTAAACAACAAATGATAGATCATGAGGAAGCTGCAGATTGTGCTGCTTCCATGGATGTTGATGTTGACCTCCGTGAAATTTATTTTCTGATTATGCATTTTCTATCTTCTGGGCCATGCCAAAAAACATTTCGGCAACTTCATGAGGAACTTCTGGAGCATGGGCTCTTACCTAGAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782211.1
MDCRKYTCVSNAPSMNVGTISFPSKAHAKQQMIDHEEAADCAASMDVDVDLREIYFLIMHFLSSGPCQKTFRQLHEELLEHGLLPRRYHAWYSRSNAVCRDENDDGKSFPLNYENLIGRYSHIERDHLVKLLKQLMLMISPPLRCMIGKVTPRAADVPTLLGSESFSLLSCEKNKLNKPVKNLPSFLRWPHMQADQVRGLSLREIGGGFSKHHRAPSIRVACYAIAKPSSMVPKMQNIKKLRGHRDAVYCAIFDRSGRYV...
XP_057782212.1
MDCRKYTCVSNAPSMNVGTISFPSKAHAKQQMIDHEEAADCAASMDVDVDLREIYFLIMHFLSSGPCQKTFRQLHEELLEHGLLPRRYHAWYSRSNAVCRDENDDGKSFPLNYENLIGRYSHIERDHLVKLLKQLMLMISPPLRCMIGKVTPRAADVPTLLGSESFSLLSCEKNKLNKPVKNLPSFLRWPHMQADQVRGLSLREIGGGFSKHHRAPSIRVACYAIAKPSSMVPKMQNIKKLRGHRDAVYCAIFDRSGRYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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