当前解析结果
SmilChr08G000777| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000777 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000777 |
| 描述 | bZIP transcription factor 53-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5731069 - 5732410 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000358 |
|---|---|
| GeneID | 131000358 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000358 |
| 原始查询 | SmilChr08G000777 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bZIP transcription factor 53-like |
| 产物 | bZIP transcription factor 53-like |
| Arabidopsis | AT3G62420 (BZIP53)basic region/leucine zipper motif 53 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825415] identity=56.4; qcov=1.01; evalue=3.05e-50; confidence=medium |
| Rice | Os12g0560900 (OsOBF1)- identity=48.5; qcov=0.935; evalue=2.97e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000358 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782213.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782213.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782213.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782213.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057782213.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5731744 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | B107,B17,B21,B29,B75,B80,C21,C57,C86,D8 |
Chr8:5731773 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B86,B88 |
Chr8:5731800 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr8:5731827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:5731840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | A10,A18,A19,B10,B101,B125,B2,B56,B64,B65,C16,C54 |
Chr8:5731845 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B21,B59,C21 |
Chr8:5731959 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:5731977 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr8:5732097 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782213.1PF07716
bZIP_2 16-63 aa
PF00170
bZIP_1 18-68 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782213.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 16 | 63 | 4e-06 | 27.5 | Basic region leucine zipper |
XP_057782213.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 18 | 68 | 1.1e-08 | 35.8 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。