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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000780

染色体: Chr08 坐标: 5743293-5745794 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000780
名称SmilChr08G000780
描述uncharacterized SmilChr08G000780
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5743293 - 5745794 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000361
GeneID131000361
locus_tag-
NCBI NameLOC131000361
原始查询SmilChr08G000780

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Calcium-dependent phosphotriesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816177]; symbol=AT2G16760; hit=AT2G16760; species=arabidopsis; confidence=high
产物Calcium-dependent phosphotriesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816177]; symbol=AT2G16760; hit=AT2G16760; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G16760 (AT2G16760)
Calcium-dependent phosphotriesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816177]
identity=57.5; qcov=1.02; evalue=6.08e-131; confidence=high
RiceOs03g0307400
-
identity=49.7; qcov=0.919; evalue=8.97e-83; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057782217.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057782217.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057782217.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782217.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782217.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5743446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr8:5743502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5743646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5743677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,D6
Chr8:5743773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B115,C16,C75,C80
Chr8:5745271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:5745412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr8:5745448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr8:5745478 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 C32,C68
Chr8:5745478 GGA G 2bp_deletion CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926234.1
ATAAATGGAAAAAATATTGACTACTCAAAATTTGGAGTTTCTATTTTTCTTTTTCTCTTTTTGAGGGAAAAATTTCTATTTATATAAAGCTAAAAACTCGAAAGAGAAACCTTAACCCAATCACTCATGGCGTTCTGCTCCACCAGATTCCTGCTCCTCCTCATCCTCCTCTCCGCCGTCCCCGTCGCCTACATCATCCGCCTCGAGACGTCCGAGCCCGCCGCTCACGTCTACGCCTACAGCAGCAAATCGTGGATCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000361
ATGGCGTTCTGCTCCACCAGATTCCTGCTCCTCCTCATCCTCCTCTCCGCCGTCCCCGTCGCCTACATCATCCGCCTCGAGACGTCCGAGCCCGCCGCTCACGTCTACGCCTACAGCAGCAAATCGTGGATCCGCGAGTGCGCCAAGTGGGACGATCTCAACCGTCGCTTCATCGTCTCCTTCTTCGAGGGCGGCATCGGGGTGGTACCGGTGAAGGCGGACGCCGCCGTTTTGGAGGAGATTACGGTTGTCGAAGGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782217.1
MAFCSTRFLLLLILLSAVPVAYIIRLETSEPAAHVYAYSSKSWIRECAKWDDLNRRFIVSFFEGGIGVVPVKADAAVLEEITVVEGAGFGKNSSLGIVIDRPRNRLLVAIADVLGNKYGALAAYDLTTWNRLFHTQLAGPEGKKTFADDVAVDAEGNAYVTDAKGSKLWKVGVNGELLSTIESPLFIQKEWYLNLIGLNGIVYHPNGYLLVVHTLSGKLFKVEIGKGDVVKEVNIIGDSLMFGDGLELVSPTKLAVAGKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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