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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000783

染色体: Chr08 坐标: 5763962-5765108 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000783
名称SmilChr08G000783
描述oil body-associated protein 1A-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5763962 - 5765108 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000364
GeneID131000364
locus_tag-
NCBI NameLOC131000364
原始查询SmilChr08G000783

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述oil body-associated protein 1A-like
产物oil body-associated protein 1A-like
ArabidopsisAT1G05510 (AT1G05510)
naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha (DUF1264) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837053]
identity=64; qcov=1; evalue=5.35e-121; confidence=high
RiceOs05g0569500
-
identity=71.3; qcov=0.761; evalue=3.53e-98; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF06884 (DUF1264)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057782220.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057782220.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057782220.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057782220.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782220.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5764324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr8:5764363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B34,B62
Chr8:5764371 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B136,B23
Chr8:5764371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B23
Chr8:5764402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B56,B96
Chr8:5764441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:5764831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:5764885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B34,B62
Chr8:5764892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr8:5764902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr8:5764907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B34
Chr8:5764909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B23,C16,C75,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782220.1
238 aa
N
1
119
238
DUF1264
C
PF06884 DUF1264 34-201 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782220.1 Pfam PF06884 DUF1264 Family 34 201 7.5e-73 244.5 Protein of unknown function (DUF1264)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926237.1
AAATGGAAGGAGTGAACGTGTCGACTCACCCACAGATTCCCGGCGAGCCGACTCAGTCGTCGACGGCGCTTCTGGAGAAGGCCACCGCCACCATCCAAGGCTTCGGCCCCATAAACAAAATCCATCAGCACCTCTGCGCGTTCCATTTCTACGGGCACGACATGACGAGGCAGGTGGAGGCGCACCACTTCTGCGCCCACCAGAACGAGGAGTTCCGGCAGTGCCTCATCTACGACCGGCCCGATGCGGACGGGCGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000364
ATGGAAGGAGTGAACGTGTCGACTCACCCACAGATTCCCGGCGAGCCGACTCAGTCGTCGACGGCGCTTCTGGAGAAGGCCACCGCCACCATCCAAGGCTTCGGCCCCATAAACAAAATCCATCAGCACCTCTGCGCGTTCCATTTCTACGGGCACGACATGACGAGGCAGGTGGAGGCGCACCACTTCTGCGCCCACCAGAACGAGGAGTTCCGGCAGTGCCTCATCTACGACCGGCCCGATGCGGACGGGCGCCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782220.1
MEGVNVSTHPQIPGEPTQSSTALLEKATATIQGFGPINKIHQHLCAFHFYGHDMTRQVEAHHFCAHQNEEFRQCLIYDRPDADGRLIGLEYLVSEELFLTLPDDEKRFWHSHEYEVKSGVLFMPGVPGPVERQDLDKVAKTYGKAIHFWQVDRGDSLPLGIPQVMMALTREGQLYDNLAQDVEKRYNVSFAKERENRANIKGPVHGIHPMANGGGRGLQTVLREVECKGAESTARVFV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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