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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000795

染色体: Chr08 坐标: 5843295-5846858 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000795
名称SmilChr08G000795
描述uncharacterized SmilChr08G000795
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5843295 - 5846858 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000379
GeneID131000379
locus_tag-
NCBI NameLOC131000379
原始查询SmilChr08G000795

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heme binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825410]; symbol=AT3G62370; hit=AT3G62370; species=arabidopsis; confidence=high
产物heme binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825410]; symbol=AT3G62370; hit=AT3G62370; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G62370 (AT3G62370)
heme binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825410]
identity=60.8; qcov=0.978; evalue=1.74e-168; confidence=high
RiceOs03g0309000
-
identity=61.6; qcov=0.912; evalue=1.22e-159; confidence=high
GOGO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF09459 (EB_dh)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000379

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057782235.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057782235.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057782235.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057782235.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057782235.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5843587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr8:5843602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,C15,C81
Chr8:5843623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C15
Chr8:5843638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:5843733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B140
Chr8:5843773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B135,C46
Chr8:5844455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:5845385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B71,B74,C6,C73
Chr8:5845415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C81
Chr8:5846246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5846529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782235.1
365 aa
N
1
182
365
EB_dh
C
PF09459 EB_dh 57-298 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782235.1 Pfam PF09459 EB_dh Domain 57 298 4.2e-33 116.2 Ethylbenzene dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926252.1
AGCTAACTGGCTCGAATGAAAGAATATCGTCGGATTTTTACAATTAAAATTAATAAGCTTTGAGTAACGAAATCGTGGTCGTATTGGAAAATTCAACCAAACACGGCTTAACAAGCAAGAACTAGAAGCCGCCTAGCAGTTGCTGAATGAATCTCAGTGAGCACAAGTCCAACGCCATTTCCCTATTGAATTTTCTTCCTTCAACGCCGCGATGCTTCTTCGGGCTCAAGCTTTCGGGCTTCTCATCGCAGCACTCTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000379
ATGCTTCTTCGGGCTCAAGCTTTCGGGCTTCTCATCGCAGCACTCTTGTTCGTCCCGGCCCGGATCAGCTCGCACGAGGAGTCCGGGCCGTGGCACTGCGAGTCGGACCCTGCGATCCGAATCCGCTCCGAATTCCGCCCCGGCGTCATCACCGTCGACGGAAAGGTAGACGATTGGAGCGGCATCTCCGGGTCAGATTTCGCCCTATTGCCCGCTCTGGACCCGGATGCTGACAAAGAATACAATGCTGGGAAATTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782235.1
MLLRAQAFGLLIAALLFVPARISSHEESGPWHCESDPAIRIRSEFRPGVITVDGKVDDWSGISGSDFALLPALDPDADKEYNAGKLTLKAVHDGNEAYFMLQVDGNYAYTQGDDNICASVALMFQIGENATYHRMGGCGEGPNTCTNKTCRGHEVDIMHFSLGNAIPGRLYGRNPVDNRQGYGGDRFGHLVDLYGWNPHCRYLDGLGPSENDTSAQNDWQGSWWHSSLTDHSGFIREDSPYASGGEKGTYYFEFSRPLRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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