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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000796

染色体: Chr08 坐标: 5847768-5850608 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000796
名称SmilChr08G000796
描述receptor-like protein kinase ANXUR2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5847768 - 5850608 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997985
GeneID130997985
locus_tag-
NCBI NameLOC130997985
原始查询SmilChr08G000796

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase ANXUR2
产物receptor-like protein kinase ANXUR2
ArabidopsisAT5G28680 (ANX2)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832975]
identity=53.5; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0280700 (YK11)
-
identity=56.8; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12819 (Malectin_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057779406.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779406.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779406.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779406.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779406.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5847833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,C81,C85
Chr8:5847899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr8:5847904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B66,B8
Chr8:5847927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B71,B74,C6,C73
Chr8:5847932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C77
Chr8:5847954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B107
Chr8:5848055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr8:5848059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B71,B74,C6,C73
Chr8:5848099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:5848115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:5848176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr8:5848209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779406.1
855 aa
N
1
428
855
Malectin_like
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF12819 Malectin_like 33-400 aa PF00069 Pkinase 530-794 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 532-794 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779406.1 Pfam PF12819 Malectin_like Domain 33 400 1.4e-23 84.5 Malectin-like domain
XP_057779406.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 530 794 1.4e-42 146.6 Protein kinase domain
XP_057779406.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 532 794 8.3e-47 160.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923423.1
TTCAAGAAAAAAAAAAAAAAATAGTAAGAATAAAAGTTAACAGTCATCATCTTTCTTCCTATTTAGATTTTTTATTCTTCCCCCCAAAATTCGTGGGTGTCTTGCACTTGGTATCTCACCATGAAAACAAAGTAAATTAAAAAAAAAAAATGATTGAAGAAAGAAGTAGCATAAGAAACTCTCCAGGCTTTACATGAAGAAAGGTCTGTTGAATTCCTGCATGCCAATTTTATTTCTTTCATTATTCATTTTCCTATCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997985
ATGAGATTCAAGCTTCGCAATCTTCTCCTAATTTTCTCAACGGTCTGTATATTCCTAAATCCATTCCATATCTCCGGCAGCCCGCTGCTCCTGACATGCGGGCCCAACACCGGGGGCACGGATGCCGACGGCCGCAAATGGGAGCCCGACGGCAAGTACCTGGTCGCCGGCGACGACAAATCCACCGCCGCTAAAGCCGGGTTGCAAGACCCTTCTCTACCGTCCTATGTGCCCTACATGTCCGCCCGGATTTTCCAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779406.1
MRFKLRNLLLIFSTVCIFLNPFHISGSPLLLTCGPNTGGTDADGRKWEPDGKYLVAGDDKSTAAKAGLQDPSLPSYVPYMSARIFQSESTYQFPLQNSSSRTLLRLHFYPSPYPNVDVSKSYFSVVAGSMLLLNNFSAYITAEALSQSYLVKEYYLTPPRSASLNVTFRPADNSFAFINGVEVIAAPEIFDNEPLLVGSYIDARTFTTVPVTASSMEMSYRLNVGGQFISPMNDSDGLMRTWYDDSVYIYGAGHGVALQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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